| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,838,222 | 0 | A | T | 5.9% | 385.0 / 8.9 | 129 | intergenic (‑117/+32) | hydN/ascG | formate dehydrogenase‑H, [4Fe‑4S] ferredoxin subunit/asc operon transcriptional repressor; prpBC operon repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/52); new base T (5/3); total (74/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TACTCGCGTCAGCAATGATGAAACGGTTCATCAAATTCTCCAGCAATGACAGTTAATGCGCCGATACATTCACAAATCATGCCAGTTTTTAATTTACTGTTATTTAAGGAAATTAATTTCTGTAATGCAGGAAAAACGATGTCATCGACACTAGTGACGATGACATGTGATGACAATGTTTATCGCGAAGGAGCAATGAGTGAGTCGCGGCGGATCAGTTTTCCGCTGAAGGTTTTCGGCGGTGAGAAATCCCCGCCATCGAGCATAAAAATCAGCCGTCCAATAATTTCCTGAATC > NC_000913/2838075‑2838371 | cgcgTCAGCAATGATGAAACGGTTCATCAAATTCTCCAGCAATGACAGTTAATGCGCCGATACATTCACAAATCATGCAAGTTTTTAATTTACTGTTATTTAAGGAAATTAATTTCTGTAATGCAGGAAAAAAGATGTCATAGACACTAg > 2:883968/1‑150 (MQ=255) gTCAGCAATGATGAAACGGTTCATCAAATTCTCCAGCAATGACAGTTAATGCGCCGATACATTCACAAATCATGCCAGTTTTTAATTTACTGTTATTTAAGGAAATTAATTTCTGTAATGCAGGAAAAACGATGTCATCGACACTAGTGa > 1:1514473/1‑150 (MQ=255) tCAGCAATGATGAAACGGTTCATCAAATTCTCCAGCAATGACAGTTAATGCGCCGATACATTCACAAATCATGCCAGTTTTTAATTTACTGTTATTTAAGGAAATTAATTTCTGTAATGCAGGAAAAACGATGTCATCGACACTAGTGAc < 1:756263/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |