Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,911,008 | A→T | 6.6% | H28Q (CAT→CAA) ‡ | mazF ← | mRNA interferase toxin, antitoxin is MazE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,911,008 | 0 | A | T | 6.6% | 370.8 / 10.1 | 127 | H28Q (CAT→CAA) ‡ | mazF | mRNA interferase toxin, antitoxin is MazE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/52); new base T (3/6); total (69/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTGAT > NC_000913/2910862‑2911156 | tGATCAGCTAACGCTACGACATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCGTTTGATTGCGTTGTCCAAGGAACACACCGACGCATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACCACAGCTGCACGCTGt > 2:70240/1‑150 (MQ=255) gATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTc > 1:1324777/1‑150 (MQ=255) gCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCTGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGAGTTGTAGAATGAACACACAGACTAAGACCAGTTTTGTTGTTGTACATGTATGTACTCATGTCCACAGCTGGACGATGTcctggt > 2:890341/1‑146 (MQ=255) 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cATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCg < 1:599533/150‑1 (MQ=255) aTGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGa < 1:1106097/150‑1 (MQ=255) gAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTGACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGatt > 1:1382543/1‑149 (MQ=255) aaaGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGatat > 2:617894/1‑150 (MQ=255) aaGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATAtt > 2:428725/1‑150 (MQ=255) cTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCCACCCAAATCAGCACGCCCAAATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCATATCTTTCGGCTCACCCCAGTCGATATACTCGt > 1:372511/1‑150 (MQ=255) tCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTg < 2:1536226/150‑1 (MQ=255) cAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTgg > 1:1676471/1‑150 (MQ=255) cAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTgg > 1:242777/1‑150 (MQ=255) cAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCAATATCGGGTTCGTATAGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCAAGTCGATATTCTCGTgg > 2:100843/1‑150 (MQ=255) gcaaGCTGGACATCGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCAAATCGGGTACGTATCGGCTTACGATTCCCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGAGATTCTCGTGGAGGttt > 1:777830/4‑150 (MQ=255) aacaGCTGGCCGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCCAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGttt > 1:1738767/1‑150 (MQ=255) aacaGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGttt > 2:1501014/1‑150 (MQ=255) acaGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCAATATTCTCGTGGAGGtttt > 1:146293/1‑150 (MQ=255) caGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGTTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTGTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCACGAGGAGGtttta > 2:303741/1‑149 (MQ=255) aGCTGGACGATGTCCAGCTTGCGCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTcc > 2:71425/1‑150 (MQ=255) gCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCg > 2:1385149/1‑150 (MQ=255) gCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCg < 2:715813/150‑1 (MQ=255) cTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCgg < 1:1616375/150‑1 (MQ=255) ggACGATGTCCATCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGGCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCg < 2:507971/150‑1 (MQ=255) ggACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCg > 1:1417420/1‑150 (MQ=255) ggAAGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATATTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCg > 1:1502279/1‑150 (MQ=255) gACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTCCCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGt > 1:708285/1‑150 (MQ=255) aCGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTg < 2:1423177/150‑1 (MQ=255) aCGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTg > 1:1641012/1‑150 (MQ=255) aCGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGGCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCGCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTg < 2:370106/150‑1 (MQ=255) gATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTGAt > 1:1574423/1‑150 (MQ=255) | TGATCAGCTAACGCTACGCCATCACGTTCCTGACCGGATAAAACAACTTCGAACGGATATCCTTTTGATTGCGTTGTACAAGGAACACACAGACACATACCTGTTTTGTTGTTGTACATGAAAGGACTCAGGACAACAGCTGGACGATGTCCAGCTTGCTCGCTACCTTTTGTCGGGTCAAAATCAACCCAAATCAGATCGCCCATATCGGGTACGTATCGGCTTACCATTACCAGACTTCCTTATCTTTCGGCTCTCCCCAGTCGATATTCTCGTGGAGGTTTTCCGGCGTGAT > NC_000913/2910862‑2911156 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |