Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,976,758 | C→T | 6.4% | L54L (CTG→TTG) | galR → | galactose‑inducible d‑galactose regulon transcriptional repressor; autorepressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,976,758 | 0 | C | T | 6.4% | 349.7 / 7.7 | 109 | L54L (CTG→TTG) | galR | galactose‑inducible d‑galactose regulon transcriptional repressor; autorepressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/56); new base T (2/5); total (48/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TAAAGGATGTAGCCCGACTGGCAGGCGTTTCAGTCGCCACCGTTTCCCGCGTCATTAATAATTCACCCAAAGCCAGCGAAGCTTCCCGGCTGGCTGTGCATAGTGCAATGGAGTCTCTTAGCTATCACCCGAACGCCAACGCCCGTGCGCTGGCGCAGCAGACCACTGAAACGGTCGGTCTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAA > NC_000913/2976609‑2976906 | tAAAGGATGTAGCCCGACTGGCAGGCGTTTCAGTCGCCACCGTTTCCCGCGTCATTAATAATTCACCCAAAGCCAGCGAAGCTTCCCGGCTGGCTGTGCATAGTGCAATGGAGTCTCTTAGCTATCACCCGAACGCCAACGCCCGTgcgc > 1:734569/1‑150 (MQ=255) aaaGGATGTAGCCCGACTGGCAGGCGTTTCAGTCGCCACCGTTTCCCGCGTCATTAATAATTCACCCAAAGCCAGCGAAGCTTCCCGGCTGGCTGTGCATAGTGCAATGGAGTCTCTTAGCTATCACCCGAACGCCAACGCCCGTGCGCt > 1:1537525/1‑150 (MQ=255) aGGATGTAGCCCGACTGGCAGGCGTTTCAGTCGCCACCGTTTCCCGCGTCCTTAATAATTCACCCAAAGCCAGCGAAGCTTCCCGGCTGGCTGTGCATAGTGCAATGGAGTCTCTTAGCTATCACCCGAACGCCAACGCCCGTGCGCTgg < 1:199955/150‑1 (MQ=255) gATGTAGCCCGACTGGCAGGCGTTTCAGTCGCCACCGTTTCCCGCGTCATTAATAATTCACCCAAAGCCAGCGAAGCTTCCCGGCTGGCTGTGCTTAGTGCAATTGAGTCTCTTAGCTATCACCCGAACGCCAGCGCACGGGCGTTGgcg < 1:1010364/150‑1 (MQ=255) gATGTAGCCCGACTGGCAGGCGTTTCAGTCGCCACCGTGTCGCGCGTCATTAATAATTCACCCAAAGCCAGCGAAGCTTCCCGGCTGGCTGTGCATAGTGGAATGGAGTCTCTTAGCTTTCACCCGAACGCCAACGCCCGTGCGCTGgcg < 1:338672/150‑1 (MQ=255) aTGTAGCCCGACTGGCAGGCGTTTCAGTCGCCACCGTTTCCCGCGTCATTAATAATTCACCCAAAGCCAGCGAAGCTTCCCGGCTGGCTGTGCATAGTGCAATGGAGTCTCTTAGCTATCACCCGAACGCCAACGCCCGTGCGCTGgcgc < 2:1746341/150‑1 (MQ=255) gTAGCCCGACTGGCAGGCGTTTCAGTCGCCACCGTTTCCCGCGTCATTAATAATTCACCCAAAGCCAGCGAAGCTTCCCGGCTGGCTGTGCATAGTGCAATGGAGTCTCTTAGCTATCACCCGAACGCCAACGCCCGTGCGCTGGCgcag > 2:1067170/1‑150 (MQ=255) tAGCCCGACTGGCAGGCGTTTCAGTCGCCACCGTTTCCCGCGTCATTAATAATTCACCCAAAGCCAGCGAAGCTTCCCGGCTGGCTGTGCATAGTGCAATGGAGTCTCTTAGCTATCTCCCGAACGCCAACGCCCGTGCGCTGGCgcagc > 1:1142677/1‑150 (MQ=255) 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ccaacgccCGTGCGCTGGCGCAGCAGACAACTGAAACGGTCGGTCTGGTCGTTGGAGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACAGCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTAcc > 1:102371/1‑150 (MQ=255) caacgccCGTGCGCTGGCGCCGCAGAACACTGAAACGGTCGGTCTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGCTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGGAATTTTTTATTGATTGGCAACTGTTACca > 1:1227174/1‑150 (MQ=255) agcgcaCGGGCGTTGGCGCAGCAGACCACTGAAACGGTCGGTCTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACcac > 2:1783631/3‑150 (MQ=255) aacgccCGTGCGCTGGCGCAGCAGACCACTGAAACGGTCGGTCTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACcac < 1:1424822/150‑1 (MQ=255) cgccCGTGCGCTGGCGCAGCAGACCACTGAAACGGTCGGTCTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACaa < 1:69716/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |