| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,263,501 | G→C | 9.8% | P54A (CCG→GCG) ‡ | tdcD ← | propionate kinase/acetate kinase C, anaerobic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,263,501 | 0 | G | C | 9.8% | 340.1 / 23.5 | 110 | P54A (CCG→GCG) ‡ | tdcD | propionate kinase/acetate kinase C, anaerobic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/46); new base C (8/3); total (61/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TCATCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCG > NC_000913/3263353‑3263647 | tCATCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCCCACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGt > 2:1274686/1‑150 (MQ=255) cATCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTg > 1:479699/1‑150 (MQ=255) aTCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAAAACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCACTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGc < 2:272513/150‑1 (MQ=255) 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ggggagAGCCAGCACCGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAAc > 2:1436669/6‑150 (MQ=255) tggtgAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAAcc < 1:1042653/150‑1 (MQ=255) gggagAGCCAGCACCGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCCTCGCGCACGGAAAACGTAATCGACGCCGAACCACAGTGAATAccc > 2:1134980/5‑150 (MQ=255) ggtgAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCa > 1:1628800/1‑150 (MQ=255) ggagAGCCAGCACCGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCCAAACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGCACCACAGTTAATAACCa > 1:245098/4‑150 (MQ=255) ggagAGCCAGCACCGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCa > 2:1817194/4‑150 (MQ=255) ggagAGCCAGCACCGCTGGCTCA‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCa > 1:1449002/4‑150 (MQ=255) gtgAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCaa > 2:1739799/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAaaca > 1:1231758/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAaaca < 1:530442/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAaaca > 2:1537479/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAaaca > 2:1385394/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTAACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGATAACTTAATAGAAGACGAACCACATTTAATAAACAAaacc > 2:930556/1‑149 (MQ=255) ccAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCCCGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAaacac > 1:1030636/1‑149 (MQ=255) cAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAaacaac > 1:799601/1‑150 (MQ=255) gCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCg < 2:174574/150‑1 (MQ=255) gCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCg < 2:1043417/150‑1 (MQ=255) | TCATCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCG > NC_000913/3263353‑3263647 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |