Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,702,839 | T→C | 6.3% | Q10Q (CAA→CAG) | dppF ← | dipeptide/heme ABC transporter ATPas |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,702,839 | 0 | T | C | 6.3% | 407.0 / 12.4 | 142 | Q10Q (CAA→CAG) | dppF | dipeptide/heme ABC transporter ATPas |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/60); new base C (5/4); total (77/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.35e-01 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CCGCAGCCAGATTCGCCCACTACTGCCAGCGTTTTGCCACGTTCAAGGTTAAACGAAACGCCATCCAGCGCTTTAACCAGACGTTCCGGCGCGAACATGCCTTTCTTCACCGGATAATGTTTTTTCAGGTCGATAGCCTGCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAGGGGCAGCGCGGG > NC_000913/3702690‑3702988 | ccGCAGCCAGATTCGCCCACTACTGCCAGCGTTTTGCCACGTTCAAGGTTAAACGAAACGCCATCCAGCGCTTTAACCAGACGTTCCGGCGCGAACATGCCTTTCTTCACCGGATAATGTTTTTTCAGGTCGATAGCCTGCAACAGCGgt < 1:1638350/150‑1 (MQ=255) cAGCCAGATTCGCCCACTACTGCCAGCGTTTTGCCACGTTCAAGGTTAAACGAAACGCCATCCAGCGCTTTAACCAGACGTTCCGGCGCGAACATGCCTTTCTTCACCGGATAATGTTTTTTCAGGTCGATAGCCTGCAACAGCGgttgt > 2:460167/1‑150 (MQ=255) gCCAGATTCGCCCACTACTGCCAGCGTTTTGCCACGTTCAAGGTTAAACGAAACGCCATCCAGCGCTTTAACCAGACGTTCCGGCGCGAACATGCCTTTCTTCACCGGATAATGTTTTTTCAGGTCGATAGCCTGCAACAGCGGttgttg > 1:730746/1‑150 (MQ=255) 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tCGATAGCCTGCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAg < 1:1455506/150‑1 (MQ=255) gATAGCCTGCAACCGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGTGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTTAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTg < 2:1162384/150‑1 (MQ=255) tAGCCTGCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGc < 2:1034510/150‑1 (MQ=255) tAGCATGAAACAGCGGTTTTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCCTCATCAAGTTGGTAATTGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGAATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGc < 2:131294/150‑1 (MQ=255) cacccTGCAACAACCGCTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGc > 1:1292860/4‑150 (MQ=255) acccTGCAACAACCGCTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCa > 2:1734816/3‑150 (MQ=255) cccTGCAACAACCGCTGTTGCAGGGTGGCCTATTGCGTACTAATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGAAt > 2:95211/2‑150 (MQ=255) ccTGCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATa < 2:493428/150‑1 (MQ=255) ccTGCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATa < 1:1552548/150‑1 (MQ=255) cTGCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAg > 1:1658626/1‑150 (MQ=255) cTGCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAg < 1:172438/150‑1 (MQ=255) tGCAACATCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGAGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCATCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAgg < 1:383338/150‑1 (MQ=255) tGCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAgg > 2:477572/1‑150 (MQ=255) gCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAggg > 1:1795747/1‑150 (MQ=255) gCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAggg > 1:1461398/1‑150 (MQ=255) cAACAGCGGGTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAgggg < 1:725522/150‑1 (MQ=255) cAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAGGGGCAg > 1:1306067/1‑150 (MQ=255) cAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAGGGGCAg > 2:1337690/1‑150 (MQ=255) gttgttGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAGGGGCAGCGCgg < 2:805013/150‑1 (MQ=255) gttgttGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAGGGGCAGCGCgg < 2:1375472/150‑1 (MQ=255) gttgttGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCGCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAGGGTCAGCGCgg < 2:1070327/150‑1 (MQ=255) ttgttgCAGGGTGGCCTCTTGCGTAGTCATAGGGTCGGCCTCCCGGCATCATCAATTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAGGGGCAGCGCggg < 2:782594/150‑1 (MQ=255) | CCGCAGCCAGATTCGCCCACTACTGCCAGCGTTTTGCCACGTTCAAGGTTAAACGAAACGCCATCCAGCGCTTTAACCAGACGTTCCGGCGCGAACATGCCTTTCTTCACCGGATAATGTTTTTTCAGGTCGATAGCCTGCAACAGCGGTTGTTGCAGGGTGGCCTCTTGCGTACTCATAGTGTCGGCCTCCCGGCATCATCAAGTGGGTAATGGCATTTGGACTGACGCCCGTCAGCGAGCATATTCAGCGCCGGTTCTTCAGCGCGACATCTGTCAGTGGCATAGGGGCAGCGCGGG > NC_000913/3702690‑3702988 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |