Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,809,359 | 0 | T | G | 6.3% | 349.5 / 11.3 | 123 | F274V (TTC→GTC) ‡ | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase (KDO transferase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/62); new base G (5/3); total (57/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTCGCCTT > NC_000913/3809211‑3809507 | gcgcCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCtt > 2:730989/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGAGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCtt > 2:1079210/1‑150 (MQ=255) gccgcgAGTGGGGTCCACACCGCGCGGTTTTGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGCTGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTcc < 1:1468579/150‑1 (MQ=255) 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cTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCGGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATg < 2:1680310/150‑1 (MQ=255) tCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCA‑GGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGtt < 1:995869/150‑1 (MQ=255) tCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTAc < 1:1508614/150‑1 (MQ=255) cTGGTACACCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACCCGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCTATACGATGGGCGAGTTGATGtttatg > 1:1256092/1‑146 (MQ=255) ggTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCAGACGCACTACAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGGTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTa > 2:1297322/1‑150 (MQ=255) tACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATg > 2:1433858/1‑150 (MQ=255) ccGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCAt > 1:1142011/1‑150 (MQ=255) atcgcATCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCAt > 2:638694/5‑150 (MQ=255) atcgcATCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTCGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCAt > 1:1684772/5‑150 (MQ=255) cgcATCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTg > 2:593230/3‑150 (MQ=255) gcATCCGGGAAGCGTTCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGc > 1:1589174/2‑150 (MQ=255) ccGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGAt < 1:893228/150‑1 (MQ=255) cGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGAtc > 2:968793/1‑150 (MQ=255) aaCGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCCGCCCGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTTCTGTATGGCATTGCCGATCTCg > 2:1786865/1‑150 (MQ=255) cGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGTCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTCGcc < 2:1403395/150‑1 (MQ=255) cGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTCGcc < 2:550211/150‑1 (MQ=255) cTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTCGCCtt > 2:1295292/1‑150 (MQ=255) | GCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCCCTCCACCAGCACGCAGGTTGTGGTTGGCGATACGATGGGCGAGTTGATGTTACTGTATGGCATTGCCGATCTCGCCTT > NC_000913/3809211‑3809507 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |