| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,918,304 | A→G | 7.2% | intergenic (‑39/+12) | atpG ← / ← atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, gamma subunit/F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,918,304 | 0 | A | G | 7.2% | 397.4 / 16.5 | 139 | intergenic (‑39/+12) | atpG/atpA | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, gamma subunit/F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/65); new base G (6/4); total (70/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TCCTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAGCAGAGCG > NC_000913/3918156‑3918451 | ccTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAgc > 2:446374/1‑150 (MQ=255) cTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAgcc > 1:558950/1‑150 (MQ=255) cTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAgcc < 1:1416420/150‑1 (MQ=255) 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ttACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGAc < 2:1365630/150‑1 (MQ=255) cGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGtt > 1:1028124/1‑150 (MQ=255) cGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTAGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCCAGCCGCCAGACGtt > 1:344125/1‑150 (MQ=255) cGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCAACGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGtt > 1:1254134/1‑150 (MQ=255) cATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCTATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTAc < 1:109251/150‑1 (MQ=255) 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cTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTc > 1:1649645/1‑150 (MQ=255) cTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTc < 1:1225241/150‑1 (MQ=255) ttGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCg < 1:1670070/150‑1 (MQ=255) ttGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCg < 2:1631248/150‑1 (MQ=255) tGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCGTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGa > 1:107843/1‑150 (MQ=255) 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ccTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCcag > 1:1356990/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAGCAGAGCg > 2:841377/1‑150 (MQ=255) | TCCTGCGATTTACGCATTTTGGAAGCGGCGACCATCTCCATCGCTTTAGTGATCTTTTGCGTGTTCTGGACGCTTGCGATCTTACTACGTATCTCTTTTGCGCCGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAGCAGAGCG > NC_000913/3918156‑3918451 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |