| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,947,332 | A→T | 6.4% | A212A (GCT→GCA) | hdfR ← | flhDC operon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,947,332 | 0 | A | T | 6.4% | 271.7 / 6.9 | 94 | A212A (GCT→GCA) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/55); new base T (3/3); total (36/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TATCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGAAATA > NC_000913/3947184‑3947481 | tATCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcag < 1:609304/150‑1 (MQ=255)tATCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcag < 1:1569232/150‑1 (MQ=255) aTCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagc < 2:39981/150‑1 (MQ=255) aTCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGGGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagc < 2:1201152/150‑1 (MQ=255) tCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGGGTTGTGCTATCGACACCGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGGAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTcagca < 1:1024913/150‑1 (MQ=255) gCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGa > 1:1203719/1‑150 (MQ=255) gCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGa > 2:1571657/1‑150 (MQ=255) cTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGaa > 2:217695/1‑150 (MQ=255) ttttGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTg < 2:1509485/150‑1 (MQ=255) tttGCAGCCATATGGCATACAGCGTCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTgg < 1:60468/150‑1 (MQ=255) tGCAGCCCTATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGtt > 1:1714838/1‑150 (MQ=255) tGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCTGCTGAACTggca < 2:1353803/150‑3 (MQ=255) gCAGCCATATGGCATAAAGTGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCTGCTGAACTggcac < 1:803749/150‑4 (MQ=255) gCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTg < 2:1453938/150‑1 (MQ=255) cAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCTGCTGAACTggcaca < 1:1078655/150‑5 (MQ=255) gCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCa < 2:1373187/150‑1 (MQ=255) tatGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTTTGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAAt < 2:1166823/150‑1 (MQ=255) tatGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAAt < 1:1354502/150‑1 (MQ=255) tGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCTAAAATTTAGCATCGCAGTCGGTTTCTGTTCCAGTTCAGCAAAGATGGTTGTCAGAATgg > 2:212522/1‑150 (MQ=255) tGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATgg < 1:1559312/150‑1 (MQ=255) gCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGc < 1:1243137/150‑1 (MQ=255) aTAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCAc > 1:381158/1‑150 (MQ=255) aTAAAGCGGCCGTGAAAGGGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCAc < 2:442267/150‑1 (MQ=255) aGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCTGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCg > 2:1134554/1‑150 (MQ=255) cGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTc < 2:1114981/150‑1 (MQ=255) gTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCAc > 2:1529556/1‑150 (MQ=255) gTGAAAGTGTTGTGCTATCCACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCAc > 1:1820092/1‑150 (MQ=255) tGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGACCAGCTGACGGGTAGCAAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAAATAGTTGTCAGAATGTGCACTTCGTCAGCAcc > 1:217043/1‑150 (MQ=255) aaaGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGa > 2:1263729/1‑150 (MQ=255) aaGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGAt > 1:56547/1‑150 (MQ=255) aGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCTGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATc < 2:325662/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCa < 2:1654630/150‑1 (MQ=255) gtgtTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCa > 1:702083/1‑150 (MQ=255) tgCTATCGACAACGGTATGCAGGACGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTg < 2:949308/150‑1 (MQ=255) cTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGcc < 2:381158/150‑1 (MQ=255) cTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGcc < 2:35126/150‑1 (MQ=255) aTCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTc < 1:1429250/150‑1 (MQ=255) aaCGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGTGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGGTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTg < 2:909989/150‑1 (MQ=255) aaCGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTg < 2:521998/150‑1 (MQ=255) aCGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGt < 1:1378154/150‑1 (MQ=255) cGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGTCGGGGAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTggt < 1:464803/150‑3 (MQ=255) aTGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGaaa < 2:1729738/150‑1 (MQ=255) tGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCGGCCTCATGCTGTTGaaaa > 2:1715416/1‑150 (MQ=255) 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ttACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGACAGTTCAGCAGCCCTGGGTGTCAGAATGGGCCCTTCGTCCGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCGGTTGAAAATCTGGCCGCCACTCa > 2:534419/1‑150 (MQ=255) tACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGcaccccgacaa > 1:781010/1‑144 (MQ=255) aCGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAg > 2:1749622/1‑150 (MQ=255) cgcgCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGt > 2:1109596/1‑150 (MQ=255) ggcCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTTCAACAATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCATCACCGATCTAACCTGCCTGATGTTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCg < 1:367031/149‑1 (MQ=255) 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agcagAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATATCCCTTTAGTTTTGAAGGGGAACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGAAata > 2:1627337/1‑150 (MQ=255) agcagAACAGGTAGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCCCTCAAGTCGCAGATAATTATGAAATCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTCGTATAACGCGCTAAAGTGAAata > 2:272905/1‑150 (MQ=255) | TATCGCTATTTTGCAGCCATATGGCATAAAGCGGCCGTGAAAGTGTTGTGCTATCGACAACGGTATGCAGGCCGCCTTTTTTACGCGCCCAGCTGACGGGTAGCCAGGTGCAACCATTAAGCATCGCAATCTGTTGCTGTGCCAGTTCAGCAGAACTGGTTGTCAGAATGGGCACTTCGTCAGCACCGATCAAACCTGCCTCATGCTGTTGAAAATCTGGCCCCCACTCAAGTCGCAGATAATTAAGATCTCCCTTTAGTTTTGAAGGGGCACTGGTATAAAGCGCTAAAGTGAAATA > NC_000913/3947184‑3947481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |