| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,092,780 | C→A | 5.2% | G15V (GGC→GTC) | frvA ← | putative enzyme IIA component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,092,780 | 0 | C | A | 5.2% | 323.2 / 3.3 | 109 | G15V (GGC→GTC) | frvA | putative enzyme IIA component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/54); new base A (4/2); total (53/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAG > NC_000913/4092631‑4092929 | cGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGc < 2:1343972/150‑1 (MQ=255) tGCGGCACGGCTACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGGATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTTGTGTGAGGCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGccc < 2:924423/150‑1 (MQ=255) tGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCCTGTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTACCGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGccc < 2:268570/150‑1 (MQ=255) 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gCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGTCGATATGTCGGTAAAc > 2:1432919/1‑150 (MQ=255) cTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACa < 1:572957/150‑1 (MQ=255) cTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAACATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGATAGGCGATATGTCGGTAAACa > 1:1083317/1‑150 (MQ=255) tCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAAt < 1:863012/150‑1 (MQ=255) cAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATg < 1:816578/150‑1 (MQ=255) aGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGa > 1:595432/1‑150 (MQ=255) cGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAAt < 1:1643263/150‑1 (MQ=255) tgAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGTTCAATAAAGATTGAAGTAAGAGCTGCCATTAATAGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAAtt < 1:244749/149‑1 (MQ=255) gAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAAttt > 2:546322/1‑150 (MQ=255) agctgtaTTGACCTGAATATTCAGGGCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGAc > 2:1502059/7‑150 (MQ=255) 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aTTGACCTGAATATTCAGGGCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGATATTAAGTGATTAGATGCGATATGTAGTTAAAAAATGACATTTTGAGACAGAGTg > 1:1198260/1‑150 (MQ=255) cccTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAg > 2:1191341/1‑150 (MQ=255) | CGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCATTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAG > NC_000913/4092631‑4092929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |