| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,281,679 | T→G | 5.4% | intergenic (+50/+104) | yjcE → / ← yjcF | putative cation/proton antiporter/pentapeptide repeats protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,281,679 | 0 | T | G | 5.4% | 451.4 / 12.9 | 150 | intergenic (+50/+104) | yjcE/yjcF | putative cation/proton antiporter/pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/72); new base G (5/3); total (75/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CCACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAC > NC_000913/4281530‑4281827 | ccaccTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCt < 2:1497650/150‑1 (MQ=255) cccTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTTCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCttt < 1:857280/149‑1 (MQ=255) accTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGCTCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCttt > 1:250978/1‑150 (MQ=255) cgcCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCt > 2:605611/1‑150 (MQ=255) cgcCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGAAGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCt > 1:122055/1‑150 (MQ=255) cgcCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGAGCTCGATTTGCTTGAAGCGTAGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCTAAAGCGACTTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGAACCt > 1:280994/1‑150 (MQ=255) gcCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCtt > 2:192019/1‑150 (MQ=255) ccACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGAACGAGCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACAAGGCCCGAGGTAATCTGAAAACGGTGCAATCTTTTGCACCttt > 2:883384/1‑150 (MQ=255) ccACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACATCCCGATCTCGATTTGCTTGAAGCGGGGCTAAGAGAGGACAATCAGTAACCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGGGCAATCTTTTGCACCatt > 1:328061/1‑150 (MQ=255) aacGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTTATCTGAAAAAGGTGCAAAAGATTGCACCtttttc < 1:231826/149‑4 (MQ=255) acGTGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACa < 1:1594570/150‑1 (MQ=255) acGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCGCGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACa < 1:686473/150‑1 (MQ=255) acGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACa > 2:788097/1‑150 (MQ=255) 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gCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATg < 2:1812690/150‑1 (MQ=255) cAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGACGCGTTGCTAATTGAGGGAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCCCCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGa > 2:339047/1‑150 (MQ=255) cAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGa > 2:608665/1‑150 (MQ=255) aaaaTTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGAtt > 1:558655/1‑150 (MQ=255) aaaTTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGGAAGCCGAATGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTc < 1:959964/150‑1 (MQ=255) 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ccGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGTCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATATTGCata > 1:1204136/1‑150 (MQ=255) cGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCataa < 1:451481/150‑1 (MQ=255) gTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATc < 1:1158496/150‑1 (MQ=255) tAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAAACTCAATCTGCATCTTGCATAATATCt > 1:1170320/1‑150 (MQ=255) acctgttaaaGGTGCAAAAGATTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGc > 2:559562/8‑150 (MQ=39) 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taaaGGTGCAAAAGATTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAAt > 1:1331915/2‑150 (MQ=255) aaaGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATc < 1:33332/150‑1 (MQ=255) aaaGGTGCAATCTTTTGAACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATc < 1:823993/150‑1 (MQ=255) ggTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCtta > 1:1374753/1‑149 (MQ=255) ggTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTc < 1:1243935/150‑1 (MQ=255) 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aTCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCg < 1:1068154/150‑1 (MQ=255) cTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAACACAAAAAAATTATATCTCTTTTAAAGTCAATTCATTTGCTGTTCTTCGCCTTAACCTCAATCTGCATCTTGAATAATCTCTGCAGTAATCTTCATAGCGAc < 2:328061/150‑1 (MQ=255) | CCACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAC > NC_000913/4281530‑4281827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |