| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,390,406 | T→G | 7.4% | intergenic (‑46/+51) | psd ← / ← rsgA | phosphatidylserine decarboxylase/ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,390,406 | 0 | T | G | 7.4% | 473.6 / 22.8 | 163 | intergenic (‑46/+51) | psd/rsgA | phosphatidylserine decarboxylase/ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/77); new base G (5/7); total (78/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCC > NC_000913/4390257‑4390555 | ttGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATg > 2:1004593/1‑150 (MQ=255) tGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGc > 2:1344080/1‑150 (MQ=255) gTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGcc > 2:1307906/1‑150 (MQ=255) cAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCgg > 2:613898/1‑150 (MQ=255) cAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGAAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCgg > 1:1400180/1‑150 (MQ=255) cAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAAATTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCgg < 2:705323/150‑1 (MQ=255) ccATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATc < 2:1777086/150‑1 (MQ=255) ccATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTGCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCATGTAGGCCGGATc < 1:1162215/150‑1 (MQ=255) cATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATcc < 2:769633/150‑1 (MQ=255) cATCCTCCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGCTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCATGTAGGCCGGATca < 1:340895/150‑2 (MQ=255) aTCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCATGTAGGCCGGATcag < 1:306474/150‑3 (MQ=255) ccTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGa < 2:1074170/150‑1 (MQ=255) ccTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATACTGa > 2:112757/1‑150 (MQ=255) 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cccGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAacgac < 2:1398635/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGtt < 2:1017013/150‑1 (MQ=255) ggattAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTTTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCtt < 2:1568164/146‑1 (MQ=255) cGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGTCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCtt > 1:43606/1‑150 (MQ=255) gAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTa > 2:821269/1‑150 (MQ=255) 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ttGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTc < 1:821269/150‑1 (MQ=255) tGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAACGCGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTGTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCg < 2:1434552/150‑1 (MQ=255) tGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCg > 2:1574728/1‑150 (MQ=255) gTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAACAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGa < 2:1138050/150‑1 (MQ=255) gTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGa > 2:1364739/1‑150 (MQ=255) gTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGa < 1:277289/150‑1 (MQ=255) tCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACgg > 2:697528/1‑150 (MQ=255) ccTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACggg > 2:320145/1‑150 (MQ=255) cTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGt > 2:285109/1‑150 (MQ=255) cTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGt > 2:27339/1‑150 (MQ=255) aggATCCGGCATGTAGGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTTGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGt > 1:1226231/3‑150 (MQ=255) aggATCCGGCATGTAGGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGt > 2:1224416/3‑150 (MQ=255) tGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCAATGCTTTCCAGAATATGGTGATTGTTTTCGAAACGGGtt > 2:1660203/1‑150 (MQ=255) ggATCCGGCATGTAGGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGtt > 1:233745/2‑150 (MQ=255) ttCCGGCCTACAAGCCGGATCCTGAAAAAAATGGTCAGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTc < 1:80414/149‑1 (MQ=255) cGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGCCGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGATTTCGAAACGGGTTTCcgc > 1:232142/1‑150 (MQ=255) ggCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGATTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACTGGTTTCcgcg > 2:1102907/1‑150 (MQ=255) ggCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGAAGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCcgcg > 2:581879/1‑150 (MQ=255) gCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGa > 1:371420/1‑150 (MQ=255) ccTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATGCGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGAt < 2:43606/150‑1 (MQ=255) ccTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGAt > 1:1630290/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATTCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTcc < 1:1082043/150‑1 (MQ=255) | TTTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCC > NC_000913/4390257‑4390555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |