| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,612,329 | A→G | 6.1% | intergenic (+40/‑82) | ytjA → / → yjjU | uncharacterized protein/putative patatin‑like family phospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,612,329 | 0 | A | G | 6.1% | 330.7 / 8.9 | 117 | intergenic (+40/‑82) | ytjA/yjjU | uncharacterized protein/putative patatin‑like family phospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/49); new base G (3/4); total (60/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTG > NC_000913/4612183‑4612477 | ggTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCg > 1:22780/1‑150 (MQ=255) tggtggTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACt > 2:1154054/1‑150 (MQ=255) gtggtCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGCCCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTgg > 1:350222/1‑150 (MQ=255) 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gCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTc > 2:1790964/1‑150 (MQ=255) gCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTc < 1:1203923/150‑1 (MQ=255) gcAGTCCTGCTGACTGGCTTTTGGGGTTTTAGCGAATAATAAATTTCGTTACTTTGTAATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTcc < 2:606131/149‑1 (MQ=255) ccAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCTCAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTcc > 2:705088/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGc < 2:1778544/150‑1 (MQ=255) 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cAGCGGACTGGCTTTTGCGGCTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCTTTCCAGCCTg < 1:1283143/150‑1 (MQ=255) cAGCGGACTGGCTTTTGAGGATTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTg < 1:1702344/150‑1 (MQ=255) | GGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTG > NC_000913/4612183‑4612477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |