| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 622,455 | G→C | 5.9% | W52C (TGG→TGC) | entS → | enterobactin exporter, iron‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 622,455 | 0 | G | C | 5.9% | 365.8 / 12.5 | 119 | W52C (TGG→TGC) | entS | enterobactin exporter, iron‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/60); new base C (3/4); total (55/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
AAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTA > NC_000913/622306‑622603 | aaaCAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTgg > 2:1791566/1‑150 (MQ=255) aCAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCa < 1:710371/150‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTggg > 1:485540/1‑150 (MQ=255) 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tGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCtt < 2:1380258/150‑1 (MQ=255) ggCAGGTGGGGCTTTGGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTa < 1:228071/150‑1 (MQ=255) | AAACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCTCTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTA > NC_000913/622306‑622603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |