| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,457 | 0 | T | G | 12.3% | 577.4 / 19.9 | 217 | intergenic (+12/+75) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/136); new base G (29/2); total (79/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATG‑CCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCG > NC_000913/3959308‑3959605 | gCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAt < 1:4134801/150‑1 (MQ=255) cTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATg < 2:2710142/150‑1 (MQ=255) tATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATG‑c < 2:2235871/150‑1 (MQ=255) 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tGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATG‑CCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGAtgt < 1:3560881/150‑1 (MQ=255) aCAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATG‑CCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGa < 2:1498556/150‑1 (MQ=255) aGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATG‑CCCTAACCCCGACCCTCTCCCACAGGGCGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCATCACCAGGAGAAGGCCGGTCTAATAGTTGACGTACAGCACCATAAAGATGTGaaa > 2:4015301/1‑148 (MQ=255) aGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATG‑CCCGAACCCCCACCCAATACCACAGGGAGTGGGGGAAAACAATAAAATCCGTCGGCTGGAGGAGGGCGTGCTAATATTTGGGGTTCAACAACATAATTATGTGata > 2:1581223/1‑150 (MQ=255) aGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATG‑CCCACACCCCGAACCACAACCACCGGGAGAGGGTGAAAAAACTCAATGCCATATACGTGAGTAGGCCGTTCTATTAGTTTCGGTACAGCAACATAAAGATGTGata > 2:178932/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |