| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,984,542 | T→A | 7.5% | Q489L (CAG→CTG) | aslA ← | putative Ser‑type periplasmic non‑aryl sulfatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,984,542 | 0 | T | A | 7.5% | 948.7 / 11.9 | 298 | Q489L (CAG→CTG) | aslA | putative Ser‑type periplasmic non‑aryl sulfatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/192); new base A (23/2); total (104/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GGATCTCCATATACGCGTGCATTTCGGTCTGTAGCGGTACACCCATCGGAATATGGCGCACGCCGATGGAGTCGCTTTCCTGCGGATCGGTGTAGAGGTTAAACACCGACGATCCCGCCGTTTGCATTACTGTGCCGGTGAATCCACCCTGATATCCGCTCTGGGTATAAGCGTAAGGTTGCTGAATCAGGACGTGATACTTGAACTCATCCATACGCACAGCAGCGAGTTTACCGTTGAGGAAGTAGTGCTCGGCCTTACGGTTAGACTGACCATTTGTTCCCAGGAAGAAGGATGTC > NC_000913/3984393‑3984691 | gATCTCCATATACGCGTGCATTTCGGTCTGTAGCGGTACACCCATCGGAATATGGCGCACGCCGATGGAGTCGCTTTCCTGCGGATCGGTGTAGAGGTTAAACACCGACGATCCCGCCGTTTGCATTACTGTGCCGGTGAATCCACCCTg < 2:3094280/150‑1 (MQ=255) aTCTCCATATACGCGTGCATTTCGGTCTGTAGCGGTACACCCATCGGAATATGGCGCACGCCGATGGAGTCGCTTTCCTGCGGATCGGTGTAGAGGTTAAACACCGACGATCCCGCCGTTTGCATTACTGTGCCGGTGAATCCACCCTGa < 1:3138696/150‑1 (MQ=255) aTCTCCATATACGCGTGCATTTCGGTCTGTAGCGGTACACCCATCGGAATATGGCGCACGCCGATGGAGTCGCTTTCCTGCGGATCGGTGTAGAGGTTAAACACCGACGATCCCGCCGTTTGCATTACTGTGCCGGTGAATCCACCCTGa < 1:3772559/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |