Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 950,318 | A→G | 5.7% | intergenic (+60/+22) | ycaK → / ← pflA | putative NAD(P)H‑dependent oxidoreductase/pyruvate formate‑lyase 1‑activating enzyme; [formate‑C‑acetyltransferase 1]‑activating enzyme; PFL activase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 950,318 | 0 | A | G | 5.7% | 764.0 / 24.1 | 229 | intergenic (+60/+22) | ycaK/pflA | putative NAD(P)H‑dependent oxidoreductase/pyruvate formate‑lyase 1‑activating enzyme; [formate‑C‑acetyltransferase 1]‑activating enzyme; PFL activase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (123/92); new base G (4/9); total (127/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.61e-01 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
ATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTAC‑GGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCA > NC_000913/950170‑950467 | aTACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATaaa < 2:1350566/150‑1 (MQ=255) tACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTAGTTATTTTATCAGGTACGGGATATTTTAGATGCACTATAACATGTGTTAAAAAAGCTGTAGCAGAATGAATCCCGGAATAAAAAATCGGCAACACAAAAAAg > 1:1202966/1‑150 (MQ=255) ctgTGGTATTGGTTGGGTAAGAACTTCACGCTAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGTATATGGTAGATGCACTATAAGTTGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGtt < 1:2613056/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |