| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,311,285 | A→C | 9.2% | E66A (GAG→GCG) | tonB → | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,311,285 | 0 | A | C | 9.2% | 277.7 / 15.8 | 106 | E66A (GAG→GCG) | tonB | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/50); new base C (3/7); total (49/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAA > NC_000913/1311136‑1311433 | ggTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGa > 2:48660/1‑150 (MQ=255) tCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGGGc > 2:1955389/1‑150 (MQ=255) tGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCg < 2:603641/150‑1 (MQ=255) 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gAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCaaa < 1:48660/150‑1 (MQ=255) gAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCaaa < 1:2001613/150‑1 (MQ=255) | GGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAA > NC_000913/1311136‑1311433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |