| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,488,051 | 0 | G | A | 7.6% | 402.1 / 13.7 | 130 | intergenic (+16/‑181) | ydcF/aldA | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding/aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/65); new base A (5/5); total (60/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GCGATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCAAACGGGCATGACTCCTGACTTTTATTTCTGCCTTTTATTCCTTTTACACTTGTTTTTATGAAGCCCTTCACAGAATTGTCCTTTCACGATTCCGTCTCTCTGATGATTGATGTTAATTAACAATGTATTCACCG > NC_000913/1487902‑1488200 | gCGATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTtgtg < 1:762113/150‑1 (MQ=255)gCGATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGAGGTGCTCATCGAGGCGATGCAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTtgtg > 1:1776552/1‑150 (MQ=255) gATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGaa > 2:75175/1‑150 (MQ=255) 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gacccGAGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTATCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTg < 1:175786/148‑1 (MQ=255) cgcgGGCGAGATGTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGATCATCGAGTCGATGGCAAGTCGCTCATTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACAACTTGTTTTCaaa > 2:712833/1‑150 (MQ=255) ggCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCAAACggg < 1:951014/150‑1 (MQ=255) gCGAGCTTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGCAAACAAGTGGTTCACAAACGGGc < 2:857597/150‑1 (MQ=255) gCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCAAACGGGc > 2:247987/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |