| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,657,895 | A→T | 5.2% | intergenic (+25/‑174) | ynfD → / → ynfE | DUF1161 family periplasmic protein/putative selenate reductase, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,657,895 | 0 | A | T | 5.2% | 413.8 / 7.0 | 140 | intergenic (+25/‑174) | ynfD/ynfE | DUF1161 family periplasmic protein/putative selenate reductase, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/67); new base T (3/5); total (68/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TTCCCAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATA > NC_000913/1657747‑1658042 | ttCCCAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGatat > 2:752170/1‑150 (MQ=255) cccAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTACCGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGCACCGCAGTAACGCATTATCGACTGAACGCCGGATATgc > 2:762354/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGAc < 2:648024/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGAc < 1:752170/150‑1 (MQ=255) cgtcgGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTCGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATcc > 1:528125/1‑150 (MQ=255) cgGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATTTGTCATATCCGGc < 1:1407966/150‑1 (MQ=255) cgGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATTTGTCATATCCGGc < 1:9042/150‑1 (MQ=255) cgGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGc < 2:808724/150‑1 (MQ=255) cgGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGc < 2:1533636/150‑1 (MQ=255) cgGACATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGc < 2:1085385/150‑1 (MQ=255) gCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATTTGTCATATCCGGCgt < 2:1221768/150‑2 (MQ=255) gCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGa > 1:1895404/1‑150 (MQ=255) aTTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGAttt > 1:573555/1‑150 (MQ=255) ttGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTg < 2:1008858/150‑1 (MQ=255) ttGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTg < 2:1097732/150‑1 (MQ=255) cgcTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAAc < 1:755009/150‑1 (MQ=255) cgcTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAAc < 2:814699/150‑1 (MQ=255) tAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATa < 2:984003/150‑1 (MQ=255) 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ctGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATtaat > 1:831661/1‑150 (MQ=255) ctGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATtaat > 2:1536771/1‑150 (MQ=255) gCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATtaataa > 2:778513/1‑150 (MQ=255) gCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATtaataa < 2:20361/150‑1 (MQ=255) gCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAAAGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATtaataa < 1:164842/150‑1 (MQ=255) 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cacaTTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAat < 2:1548882/150‑1 (MQ=255) ttATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTc < 2:528125/150‑1 (MQ=255) ttATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTc < 2:955271/150‑1 (MQ=255) tATCGACTGACCGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCa < 1:182271/150‑1 (MQ=255) tATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCa < 2:1463524/150‑1 (MQ=255) 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aatcGCCGGATTTGTCATATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATaa > 2:1580787/4‑150 (MQ=255) aaCGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATaaa > 2:393156/1‑150 (MQ=255) aaCGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCC‑AAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAAc < 2:183824/150‑1 (MQ=255) cGCCGGATTTGTCATATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACt > 1:413608/1‑150 (MQ=255) cGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACt > 2:431430/1‑150 (MQ=255) 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ttatGACAATTCAGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTtata < 2:1895404/149‑1 (MQ=255) atatGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTtata > 2:2009446/1‑150 (MQ=255) | TTCCCAGGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATA > NC_000913/1657747‑1658042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |