| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,684,016 | A→G | 8.2% | S379G (AGC→GGC) | rstB → | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,016 | 0 | A | G | 8.2% | 328.7 / 16.0 | 123 | S379G (AGC→GGC) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/50); new base G (7/3); total (68/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCG > NC_000913/1683867‑1684165 | aTAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCa > 2:1857621/1‑150 (MQ=255) tAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAg > 1:1383487/1‑150 (MQ=255) cGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCg < 2:18220/150‑1 (MQ=255) 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gagcGATCCCGGCTGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGGAATGGGCGGTACGGTTACTTGTGACACCAGCGAAGTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCGGGCCGTTATGGCa > 1:201295/4‑150 (MQ=255) gagcGATCCCGGCTGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCa > 1:483831/4‑150 (MQ=255) agcGATCCCGGCTGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCAt > 1:1445078/3‑150 (MQ=255) agcGATCCCGGCTGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCAt > 1:400180/3‑150 (MQ=255) cGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTTTGACACCAGCGATCTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATaa > 2:965393/1‑150 (MQ=255) 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cAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATccc > 2:1869895/1‑150 (MQ=255) aGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCg < 2:1831411/150‑1 (MQ=255) | ATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCG > NC_000913/1683867‑1684165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |