| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,770,387 | C→T | 5.3% | noncoding (16/106 nt) | rprA → | sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,770,387 | 0 | C | T | 5.3% | 362.2 / 4.1 | 115 | noncoding (16/106 nt) | rprA | sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/59); new base T (2/4); total (51/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAG > NC_000913/1770238‑1770533 | tttGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAAc < 2:239820/150‑1 (MQ=255)tttGCTTGCTCATCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTGGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCTCGGTTATAAATCAAc < 2:1322975/150‑1 (MQ=255) ttgcttgcTCTTCCCCTTATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACa < 1:1900387/150‑1 (MQ=255) 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ggTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCaataat < 2:860403/150‑1 (MQ=255) tttATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGGTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATATTg < 2:1589405/149‑1 (MQ=255) cttATAAATCAATATGTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGATGTGTGTAGTCTTTGCCAATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCTCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCaataatt > 1:40848/2‑149 (MQ=255) tataAATCAATATGTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt > 2:1668111/1‑150 (MQ=255) tataAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt > 2:972940/1‑150 (MQ=255) tataAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt < 2:961390/150‑1 (MQ=255) tataAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt < 1:1574108/150‑1 (MQ=255) tataAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt > 2:1897158/1‑150 (MQ=255) taAATCAAGATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCGGAGTGAAACAACTAATTGCTGTGTGTAGTCTTTTCCCATCTCCCACGATGTGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGc < 1:100221/150‑1 (MQ=255) aTCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGcaca > 2:1875261/1‑150 (MQ=255) tCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACaa < 1:1635349/150‑1 (MQ=255) cAACATTTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATGTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAg < 2:1744384/150‑1 (MQ=255) | TTTGCTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAG > NC_000913/1770238‑1770533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |