| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,770,390 | A→G | 5.4% | noncoding (19/106 nt) | rprA → | sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,770,390 | 0 | A | G | 5.4% | 340.7 / 7.2 | 114 | noncoding (19/106 nt) | rprA | sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/57); new base G (2/4); total (51/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAGATACTG > NC_000913/1770244‑1770539 | tgctCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCTCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAATATGTTg < 1:1221112/150‑1 (MQ=255)tgctCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATAttt > 1:258944/1‑149 (MQ=255) ttCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAATATGTTGATTta < 1:730222/150‑1 (MQ=255) 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cttATAAATCAATATGTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGATGTGTGTAGTCTTTGCCAATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCTCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCaataatt > 1:40848/2‑149 (MQ=255) tataAATCAATATGTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt > 2:1668111/1‑150 (MQ=255) tataAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt < 2:961390/150‑1 (MQ=255) tataAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt > 2:972940/1‑150 (MQ=255) tataAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt > 2:1897158/1‑150 (MQ=255) tataAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt < 1:1574108/150‑1 (MQ=255) taAATCAAGATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCGGAGTGAAACAACTAATTGCTGTGTGTAGTCTTTTCCCATCTCCCACGATGTGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGc < 1:100221/150‑1 (MQ=255) aTCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGcaca > 2:1875261/1‑150 (MQ=255) tCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACaa < 1:1635349/150‑1 (MQ=255) cAACATTTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATGTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAg < 2:1744384/150‑1 (MQ=255) atTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAGATACtg > 2:680896/1‑150 (MQ=255) atTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACACTTTCCAATAATGTTGCACAAGATACtg > 2:1154917/1‑150 (MQ=255) | TGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAGATACTG > NC_000913/1770244‑1770539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |