Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,266,051 | T→C | 5.1% | intergenic (+29/‑194) | yeiP → / → yeiQ | elongation factor P‑like protein/putative NAD‑dependent D‑mannonate oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,266,051 | 0 | T | C | 5.1% | 481.0 / 10.9 | 158 | intergenic (+29/‑194) | yeiP/yeiQ | elongation factor P‑like protein/putative NAD‑dependent D‑mannonate oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/78); new base C (5/3); total (76/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.07e-01 |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
CCGTAACAAACCGGCGACATTGAGCACTGGTCTGGTGATTCAGGTACCAGAATACTTAAGCCCGGGCGAAAAAATTCGTATCCATATCGAAGAACGCCGTTATATGGGGCGTGCTGACTAACTTCAGCCGCATGCAGAAAAGGGATAGCTCAGGCTGTCCCTTTTTTAATTTATTATACCAATCTTCTATTTTGCGCTTCCTGAACACCTTACGCCCTCAATTTTCACTCGTTGATTGATCGCCCTCACACTTCATCGCATTAACAATCCAGACCAATTTCAATTGCTGTCATATAAC > NC_000913/2265902‑2266199 | ccGTAACAAACCGGCGACATTGAGCACTGGTCTGGTGATTCAGGTACCAGAATACTTAAGCCCGGGCGAAAAAATTCGTATCCATATCGAAGAACGCCGTTATATGTGGCGTGCTGACTAACTTCAGCCGCATGCAGAAAAGGGATAGCt > 2:1059892/1‑150 (MQ=255) gTAACAAACCGGCGACATTGAGCACTGGGCTGGTGATTCAGGTACCAGAATACTTAAGCCCGGGCGAAAAAATTCGTATCCATATCGAAGAACGCCGTTATATGGGGCGTGCTGACTAACTTCAGCCGCATGCAGAAAAGGGATAGCTCa < 1:1138434/150‑1 (MQ=255) aCAAACCGGCGACATTGAGCACTGGTCTGGTGATTCAGGTACCAGAATACTTAAGCCCGGGCGAAAAAATTCGTATCCATATCGAAGAACGCCGTTATATGGGGCGTGCTGACTAACTTCAGCCGCATGCAGAAAAGGGATAGCTCAGGc < 2:429767/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |