| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,282,912 | G→T | 5.5% | intergenic (+111/+28) | rplY → / ← yejK | 50S ribosomal subunit protein L25/spermidine nucleoid‑associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,282,912 | 0 | G | T | 5.5% | 342.3 / 4.4 | 120 | intergenic (+111/+28) | rplY/yejK | 50S ribosomal subunit protein L25/spermidine nucleoid‑associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/56); new base T (3/5); total (59/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AAACCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCATTCAGAACACAAAACCGATTAATTGCCGCCAGACGTCCGGCGCTGCAATTGGTCGCGCAAATTCGGCGGCGTGCCTTTAATGGTCAAGGTATCGGTTGCTGGATCCCAGAAGATGCGTTCACCTAACAGCATCGCATC > NC_000913/2282763‑2283059 | aaaCCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGAAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACTGTATTGCTATTTTTTGCAGGCAAGAAAAGGCGTTCAcgccg > 1:186188/1‑150 (MQ=255)aaaCCGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGAGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCAcgccg > 2:1024680/1‑150 (MQ=255) cGAAGCTGCAGCACATCGACTTCGTTCGCGCTTAATTGCTGAATAAGTTGTAAAAAACCCCGCTCCGGCGGGGTTTTTTGTATCTGCAGATTATGCCTGATTACGGTATTGCTATTTTTTGCAGGCCAGATAAGGCGTTCACGCCGCATc > 2:558925/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |