Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,638,584 | A→T | 5.7% | F23L (TTT→TTA) | bamB ← | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,638,584 | 0 | A | T | 5.7% | 434.7 / 9.6 | 151 | F23L (TTT→TTA) | bamB | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/76); new base T (4/5); total (70/81) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
TAGACAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGC > NC_000913/2638435‑2638733 | tAGACAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTa < 1:1213593/150‑1 (MQ=255) aGACAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTaa > 2:1116109/1‑150 (MQ=255) aGACAACGTTGTCCACAAGTGCCGGATCAAGATTGGAATACAACTTGCCAAAGCCGCTTCCAACAGAATTGCACCACGCCTTGAACCGCCTAAACAGGTTTTAAACGTTAAGAAATGGTGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTaa > 2:778845/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |