| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,900,324 | G→T | 6.1% | intergenic (‑51/‑268) | ygcW ← / → yqcE | putative SDR family oxidoreductase/putative MFS transporter, inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,900,324 | 0 | G | T | 6.1% | 409.0 / 14.6 | 148 | intergenic (‑51/‑268) | ygcW/yqcE | putative SDR family oxidoreductase/putative MFS transporter, inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/76); new base T (4/5); total (67/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.07e-02 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGC‑‑AAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAA > NC_000913/2900175‑2900473 | tGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGC‑‑AAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCcg > 2:1327205/1‑150 (MQ=255) cTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGC‑‑AAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCga < 1:566715/150‑1 (MQ=255) cTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGC‑‑AAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCga > 1:1743099/1‑150 (MQ=255) 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ggTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGAt > 1:1516815/1‑150 (MQ=255) gTAACTTCCCTCTCGCGGGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGAtt > 1:15317/1‑150 (MQ=255) gTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTAATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATAGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGAtt < 1:1244912/150‑1 (MQ=255) tAACTTCCCCCGCGAGAGTGAAGTTAACTTTCTCATTATCTTTGGTAACTTGATATAATTTTTAGAATAAGGTCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTa < 1:1240864/150‑1 (MQ=255) tAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGTTAACTGGAGATAAGTTTTAGCAGAAGGGCATAACTGATAATGTGATCGTAATCACAGTGTGAGATTCGTATTGTCAAATAATGTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTa > 1:1974122/1‑150 (MQ=255) aCTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTAct > 2:1343508/1‑150 (MQ=255) ttCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTActct < 2:606439/150‑1 (MQ=255) tCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACtctc < 1:1820812/150‑1 (MQ=255) cccccGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTca > 1:1943988/1‑150 (MQ=255) ccccGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTcac < 1:535255/150‑1 (MQ=255) ccccGCGAGAGGGAAGTGACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTAAAATAATTTTAAAAAGAAGAAGCGTGATTACTCTcac > 1:1406931/1‑150 (MQ=255) gcgAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATTTGATCGTAATCAAAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAATCGTGATTACTCTCAAacaa > 1:317823/1‑150 (MQ=255) | TGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTCGATTGACATAGTTAGCTCCAATTTCCGTAAGGC‑‑AAAAAAAAAGAAAGGTAACTTCCCCCGCGAGAGGGAAGTTACCTTTCTCATTATCTCTGGTAACTGGAGATAATTTTTAGCATAAGGGCATAACTGCTAATGTGATCGTAATCACAGTGTGATATTCGTATTGTCAAATAATTTTAAAAAGCAGAAGCGTGATTACTCTCACACAA > NC_000913/2900175‑2900473 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |