Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,790,300 | 0 | A | T | 5.3% | 347.2 / 6.1 | 112 | intergenic (‑219/+20) | waaH/tdh | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase/L‑threonine 3‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/47); new base T (3/3); total (62/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATATTATTTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAGACTGAATCAGC > NC_000913/3790155‑3790446 | atatTATTTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGAAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATaa > 2:710440/1‑149 (MQ=255) attattTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGAGATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCa > 1:805131/1‑150 (MQ=255) tattTTTACAGGTGAGAGAGTCACTTCAGGGTAGAGATATAATGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACTGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGc < 2:909762/150‑1 (MQ=255) 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cTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGATATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAgg > 2:1964405/1‑150 (MQ=255) tCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGc > 2:1829636/1‑150 (MQ=255) tCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGGTAAGCGGAGCTCAGAATAAGTTTCCCGGACTGGCCCGCACGGATAGAGTCTAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAACGCTCGAGGc > 1:288589/1‑150 (MQ=255) aGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGACCGAATAGCGTCTAAGCACTTGGGGAATTCATCGATTGAGAATCGATGGGTAATGATCGGCGAAAGCTCGAGTCCa > 1:105903/1‑150 (MQ=255) cgaacaaGGGCTGGTATTCCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGAAACGATGGGTAATGATCGGCGAAAGATCGAGGCCAg > 2:936234/6‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |