| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,280,219 | A→C | 8.1% | E80D (GAA→GAC) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,219 | 0 | A | C | 8.1% | 239.6 / 10.8 | 96 | E80D (GAA→GAC) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/47); new base C (5/3); total (43/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
CCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGC > NC_000913/4280070‑4280368 | ccgcttATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGaa < 2:1212549/150‑1 (MQ=255) cgcttATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAAc > 1:1469244/1‑150 (MQ=255) gcttATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACa < 1:1292242/150‑1 (MQ=255) aTGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTGCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGt < 1:1802727/150‑1 (MQ=255) gCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCg > 2:1773413/1‑150 (MQ=255) cAAATCGCCATCGGTGCGCTTCTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCga < 1:818501/150‑1 (MQ=255) cAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCga > 2:1702159/1‑150 (MQ=255) aaaTCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCgag > 2:215276/1‑150 (MQ=255) aTCGCCAGCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGGGAATTTCTCGAACATGGTCgagag < 1:285014/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCgagagagt > 2:1564426/1‑148 (MQ=255) ccATCGGTGCTCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCTCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGAttt < 2:1522628/150‑1 (MQ=255) ccATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGACCATGTTCGAGAAAttc < 2:427784/150‑2 (MQ=255) cATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTATGCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGACCATGTTCGAGAAAttca < 1:180668/150‑3 (MQ=255) cGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATCTCTCGACCATGTTCGAGAAAttcacgg < 2:1649332/150‑6 (MQ=255) gTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGGGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGcc < 2:570127/150‑1 (MQ=255) cgcTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTcg > 2:1065701/1‑150 (MQ=255) ctacccgCGTGCCCGACCTTTGGCCCGCATGTGGAGTTAGCTCCTGAACTCTTTTAAGCCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTcgcg < 2:1346080/144‑1 (MQ=255) ggCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgctggc > 2:815278/1‑150 (MQ=255) 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gtttgCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCg > 1:832840/1‑150 (MQ=255) tttgCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGt < 2:1522211/150‑1 (MQ=255) gCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGATCGCTAATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGt < 2:636223/150‑1 (MQ=255) gCATGTGGAGTGTGATCCTGAACTCTTTTTTGTCGTGTTTATGCCGCCGTTGCGGGGCGCTGATGGCGGGAAAACGCCGACCCGTGAAGTTCGCGATCATGGTCGAGAGATGTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGGGGTGGTCACCGTGGt < 1:289996/150‑1 (MQ=255) cATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTc > 1:939524/1‑150 (MQ=255) 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ccTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCtt > 1:1913132/1‑150 (MQ=255) ccTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCtt > 1:509905/1‑150 (MQ=255) ccgAACTCTCTTAAGGCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGATCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTa < 1:1261584/148‑1 (MQ=255) ctctTTTTAGTCTTGTTTCTCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGAGGGCTGGAAACCGCCGACCCGGGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGAGCTGGCGCTGGTGGGGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTAc < 1:269226/150‑1 (MQ=255) ctctTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTAc > 1:1462366/1‑150 (MQ=255) 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gAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCGGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTccgacc < 2:75013/150‑1 (MQ=255) aaaTCTCTCGACCATGTTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTccgacc > 2:651624/2‑150 (MQ=255) atctctcGACCATGTTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTccgaccgc > 2:393073/4‑149 (MQ=255) tctctcGACCATGTTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGAt > 1:1913174/3‑150 (MQ=255) ttCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATg > 1:305232/1‑150 (MQ=255) tctcGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTCATACCTGCCTTTGCTCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGc > 1:99355/1‑150 (MQ=255) gctcGAACCGGGGCGAGAGATGTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGGGGTGGGCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATATACTGGGTGGGGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGc < 1:1360336/149‑1 (MQ=255) ctcGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCt > 1:685810/1‑150 (MQ=255) ctcGAACATGGTCGAGAGATTTTCGACCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCt > 1:825587/1‑150 (MQ=255) aaCATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTgg > 1:421256/1‑150 (MQ=255) aCATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGCCCGATGCTGTGgc > 1:677612/1‑150 (MQ=255) aCATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGgc < 1:1113105/150‑1 (MQ=255) | CCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGC > NC_000913/4280070‑4280368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |