| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,390,406 | 0 | T | G | 5.2% | 431.2 / 9.4 | 145 | intergenic (‑46/+51) | psd/rsgA | phosphatidylserine decarboxylase/ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/65); new base G (4/4); total (76/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCC > NC_000913/4390258‑4390555 | ttGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATg > 1:1643399/1‑150 (MQ=255) tCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCg > 1:1200382/1‑150 (MQ=255) cAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGCTCCGGCCTACATGCCgg > 2:1711878/1‑150 (MQ=255) 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tCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACgg > 1:1936536/1‑150 (MQ=255) ccTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACggg < 2:1919367/150‑1 (MQ=255) cTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGt > 1:1471940/1‑150 (MQ=255) aggATCCGGCATGTAGGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGt > 2:352749/3‑150 (MQ=255) tGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAAGACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGtt > 1:91766/1‑150 (MQ=255) gATCCGGCATGTAGGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGtta > 2:1415134/1‑149 (MQ=255) ggCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCcgcg < 2:1087951/150‑1 (MQ=255) ccTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGAt < 2:417256/150‑1 (MQ=255) tACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGCTTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGCttt > 2:295324/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTcc < 2:318982/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTcc < 2:1613837/150‑1 (MQ=255) tGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCAAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTccc < 1:919962/150‑1 (MQ=255) | TTGTCAGCCATCCTGCCCGCTTGCTTGCGCCCCAACCCGCCAGGCGAGTAAGCCATAGTTTCGGCAGAATGTACTGTAGCGAAAGTTTAAATGAATTTAACAAGGTAGCCTCCAGGCCATTGTTTTGTCGTTCCTGATCCGGCCTACATGCCGGATCCTGAAAAAAAGGGGACGATTCTAACGACGGTTAGCTTAATTGTCAGTCATCCGTATCAGAAAAGTTTTTACGCGTTTTTACCTGCGCCATGCTTTCCAGAATACGGTGATAGTTTTCGAAACGGGTTTCCGCGATTTTCCC > NC_000913/4390258‑4390555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |