| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,624,359 | A→G | 5.0% | L144P (CTG→CCG) | ytjB ← | SMP_2 family putative membrane‑anchored periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,624,359 | 0 | A | G | 5.0% | 364.1 / 5.3 | 118 | L144P (CTG→CCG) | ytjB | SMP_2 family putative membrane‑anchored periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/53); new base G (3/3); total (62/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ATTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCTTGTTCG > NC_000913/4624210‑4624508 | aTTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGTTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCa > 2:105984/1‑150 (MQ=255) ctgcCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGgcg > 1:1491470/1‑150 (MQ=255) gcCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCa > 2:2013027/1‑150 (MQ=255) cAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGGGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGa < 1:954234/150‑1 (MQ=255) aGCGGGTGCGTTTCCCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTAGCCACCTGTTGGGCTTCGGGGGCGAGCGTATGGGTGGCGAGTGTCAGGCGCAGAt < 2:1400350/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATa > 2:1366781/1‑150 (MQ=255) gTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCg < 2:670651/150‑1 (MQ=255) gCGTTTACCCTGTCGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGGATGGGTGGCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAg < 2:308114/150‑1 (MQ=255) 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cGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATctgct < 1:241322/150‑1 (MQ=255) gATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATctgctg < 2:190804/150‑1 (MQ=255) gATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATctgctg > 2:1751386/1‑150 (MQ=255) aatGCCAGTGAGAGTAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTTGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTgg < 1:1294468/148‑1 (MQ=255) ttGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGGCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGt < 2:1381108/150‑1 (MQ=255) 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tGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATa > 1:1026137/1‑150 (MQ=255) tGGGTGTCGAGGGTCAGGCGCTGAAAGCCGAGCGGTCCGTTATTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATa < 2:913418/150‑1 (MQ=255) cgtgtCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAg > 1:1217727/2‑150 (MQ=255) gtgtCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCATTTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGGCAGAACGTGCGATAAGa > 1:1012206/1‑150 (MQ=255) gtCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGGTTTTACCCGCATTTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATATCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCGTTCGCCAGAACGTGCGAAAAGATc > 1:1956672/1‑150 (MQ=255) cGAGTGTCGGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGc < 1:1403172/150‑1 (MQ=255) cGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGc < 1:848540/150‑1 (MQ=255) gAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGCGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGcc > 1:1689542/1‑150 (MQ=255) gAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGcc < 2:1613600/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCGGTTTTTACCCGCAATTGGCTCTACAATCTGCTGTTTAAATTAGCCGACTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCGTGTTc < 2:1164160/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCTTGTTc > 2:112597/1‑150 (MQ=255) aGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCTTGTTCg > 2:527970/1‑150 (MQ=255) | ATTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCTTGTTCG > NC_000913/4624210‑4624508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |