| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,005,005 | G→T | 8.0% | A261E (GCA→GAA) | ygeV ← | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,005,005 | 0 | G | T | 8.0% | 1911.2 / 20.7 | 570 | A261E (GCA→GAA) | ygeV | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (209/295); new base T (64/2); total (273/297) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-20 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 579 total aligned reads displayed.
GGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCG‑CCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAAAT > NC_000913/3004856‑3005154 | ggCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCG‑CCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGc < 2:4917579/150‑1 (MQ=255) gCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTTATTTCCGCAAAAAACCGCACTAG‑CCAACCAAAAGTTCAAAATGAGGTTCATAAGGTGCAATTggg > 1:3348654/1‑148 (MQ=255) cgacgaCTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCG‑CCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTa < 2:5987494/150‑1 (MQ=255) cgacgaCTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGCTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCG‑CCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTa < 2:2271118/150‑1 (MQ=255) gacgacTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCG‑CCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGTATTTGCTAc < 2:5367994/150‑1 (MQ=255) gacgacTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAAATTCCGCATAAAACGGCACTCG‑CCAACCAAATTTTCAAAATGAGGTTAAAAAGGTGCATTTTCTAc > 1:7003638/1‑150 (MQ=255) acgacTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTTCCGCATAAAACGGCACACG‑CCAACCAAATGTTCAATATGCGGTTAATCAGGTGCATTTTCTTCa > 1:9662643/1‑150 (MQ=255) acgacTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCG‑CCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACa < 2:2375979/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |