| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,455,713 | G→T | 6.7% | G46* (GGA→TGA) | gspC → | general secretory pathway component, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,455,713 | 0 | G | T | 6.7% | 1524.5 / 8.1 | 458 | G46* (GGA→TGA) | gspC | general secretory pathway component, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (175/232); new base T (47/2); total (224/234) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.36e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 468 total aligned reads displayed.
TTAGAACATACATCGTGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGC > NC_000913/3455564‑3455862 | aGAACATACATCGTGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGa < 2:4494189/150‑1 (MQ=255) gAACATACATCGTGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGAc < 2:3290729/150‑1 (MQ=255) aaCATACATCGTGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTACATAAAACTATA‑GTTAAAAATGGACa > 1:2053344/1‑150 (MQ=255) atacatCGTGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGACATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGACAGAt < 2:7804223/150‑1 (MQ=255) tacatCGTGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGACAGATc > 2:4795379/1‑150 (MQ=255) tCGTGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGTATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGACAGATCATTa > 2:2534110/1‑150 (MQ=255) gTGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGACAGATCATTAAt > 2:3031718/1‑150 (MQ=255) gTGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGACAGATCATTAAt < 1:4272025/150‑1 (MQ=255) tGCCCACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGACAGATCATTAATc < 1:8425079/150‑1 (MQ=255) tGCCCACACTACGTGTCCCCTTCCCTCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGACAGATCATTAATc < 2:3845609/150‑1 (MQ=255) cccACACTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATTTGTATTATTTACATACCACGATAGGTTAAAAAT‑GAAAGATCATTAATcaa > 1:4173501/1‑150 (MQ=255) cccACACTACGTTTCCCCTTACATCTGGCGAATCATAATATATATGGTTCCATCCATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTTAATTATTTCCATACAACTATA‑GTTAAAAATGGACAGATCATTAATcaa < 1:8920320/150‑1 (MQ=255) cacTACGTTTCCCCTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATTTGAATTATTTAAATACAACAATA‑GTTAAAAATGGACAGATAATTAAAcaaccaa > 1:5346674/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |