| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,470,107 | 0 | G | T | 5.6% | 1855.7 / 66.3 | 514 | intergenic (‑254/+38) | chiA/tufA | periplasmic endochitinase/translation elongation factor EF‑Tu 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (242/241); new base T (9/21); total (251/263) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 516 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |