| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,470,108 | 0 | A | C | 5.8% | 1771.8 / 75.4 | 509 | intergenic (‑255/+37) | chiA/tufA | periplasmic endochitinase/translation elongation factor EF‑Tu 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (242/236); new base C (9/21); total (252/257) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 519 total aligned reads displayed.
AAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTAACAACCATTT > NC_000913/3469959‑3470257 | aaGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGa < 1:5038469/150‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAgc < 2:1161216/150‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAgc > 1:2994097/1‑150 (MQ=255) 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acaaATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGt < 1:1688960/150‑1 (MQ=255) acaaATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGt > 1:9268521/1‑150 (MQ=255) acaaATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGt > 2:6855239/1‑150 (MQ=255) acaaATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGt < 1:3783389/150‑1 (MQ=255) aaaTGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTgg > 2:5534621/1‑150 (MQ=255) 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gcCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTAACAAcc > 1:5724061/1‑150 (MQ=255) aaGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTACTTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTAACAACCAttt < 1:1560387/150‑1 (MQ=255) | AAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTAACAACCATTT > NC_000913/3469959‑3470257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |