| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,470,109 | 0 | A | G | 5.5% | 1679.6 / 57.3 | 509 | intergenic (‑256/+36) | chiA/tufA | periplasmic endochitinase/translation elongation factor EF‑Tu 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (240/232); new base G (9/19); total (252/257) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-02 | |||||||||||
Only 100 of 516 total aligned reads displayed.
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aGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACACAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTAACAACCAtttt > 2:281769/1‑150 (MQ=255) | AGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTAACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTAACAACCATTTT > NC_000913/3469960‑3470258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |