| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,178,849 | A→T | 5.4% | K86I (AAA→ATA) ‡ | nagK → | N‑acetyl‑D‑glucosamine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,178,849 | 0 | A | T | 5.4% | 329.7 / 7.0 | 111 | K86I (AAA→ATA) ‡ | nagK | N‑acetyl‑D‑glucosamine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/55); new base T (2/4); total (52/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GACGCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGC > NC_000913/1178701‑1178997 | gACGCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTaaa > 1:780661/1‑150 (MQ=255) aCGCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAAc < 1:1320888/150‑1 (MQ=255) cATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATTCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGc > 2:1153345/1‑150 (MQ=255) cATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGc > 1:1164407/1‑150 (MQ=255) aTTTTTAGTTGCAGTGTGTGAGCTGGTAGATGAAGCTGACCTACGTTGTGGCTGTACAGGTTCTGTCGGCATCGGTAGTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTTTACCGCt < 1:153373/150‑1 (MQ=255) aTTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTAAGCTGTATGAAGACAATGTCCAATCTGCCAGCGGTAAACCGCt > 1:1129557/1‑150 (MQ=255) tttttAGTTGCAGGGTGTGAGCTGGAATCTGAAGCTGTCCAACGTTTTGTGTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCATTGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTg < 1:319679/150‑1 (MQ=255) tttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTg < 1:716330/150‑1 (MQ=255) tttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTg < 2:461222/150‑1 (MQ=255) tttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTTTACCGCTggc < 2:204269/150‑3 (MQ=255) tAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTTTACCGCTggcag < 2:1784249/150‑5 (MQ=255) aGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTTTACCGCTggcagc < 1:1294381/150‑6 (MQ=255) gATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTACCCGCTGCCAGCCGTAAACAGCTGCGTGcc > 1:673571/1‑150 (MQ=255) 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agaTGGTACGCTGTAAGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCCGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATTACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCa < 1:86195/150‑1 (MQ=255) tACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGCCCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATcc > 2:687279/1‑150 (MQ=255) tACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCATGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATcc < 2:1263173/150‑1 (MQ=255) tATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACATGAGCGCACGGATTGAGCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTg < 2:286972/150‑1 (MQ=255) ccgccAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATgg < 1:1355283/150‑1 (MQ=255) cgccAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAAAATCCACTGGTGATggg > 2:1347715/1‑150 (MQ=255) cgccAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTAGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATggg > 2:925871/1‑150 (MQ=255) cctaTGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCAAGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGt < 1:1760735/147‑1 (MQ=255) ccAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCCGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGt < 2:1756548/150‑1 (MQ=255) ctaTGTCGCCGCGGCCAGCGGTAAACCGCTGCGCGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACTCCTAGATAACGATGCCAACAGTATTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGCCGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGtt < 2:673571/148‑1 (MQ=255) cAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGGGATGGGGtt < 2:402019/150‑1 (MQ=255) tCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATtc < 2:1151262/150‑1 (MQ=255) tCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATtc > 1:612504/1‑150 (MQ=255) tCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGAAGATGAAGTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGCTtc > 1:967372/1‑150 (MQ=255) ccccGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGGGTTGCCCTTTCAGAAGCCTGAGATGATGATTTTACTCTATATCCACTGGTGATGGGGTTGATtct > 1:1226369/1‑150 (MQ=255) cccGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGAGGTCCGCCTTGATAACGGTGGCAACTGTTTTGCCCTTTCAGACGCCTGGCCTCATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATtctc > 1:1358169/1‑150 (MQ=255) cacgcAGCGGTTTACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCa > 2:26455/5‑150 (MQ=255) tGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCAc > 1:1048816/1‑150 (MQ=255) cgcAGCGGTTTACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCAcc > 1:804070/3‑150 (MQ=255) tAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTgg > 1:1046347/1‑150 (MQ=255) aaaCCGCTGCGTGCCGTCCTGAGCGCAGGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGGACTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTTTTggc < 2:1129557/150‑1 (MQ=255) aaaCCACTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTggc > 2:1056476/1‑150 (MQ=255) | GACGCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGC > NC_000913/1178701‑1178997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |