| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,471,102 | G→C | 5.4% | pseudogene (586/3497 nt) | ydbA → | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,471,102 | 0 | G | C | 5.4% | 287.6 / 7.6 | 93 | pseudogene (586/3497 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/40); new base C (3/2); total (51/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
ATAGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCA > NC_000913/1470954‑1471251 | ataGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGgc < 1:1703482/150‑1 (MQ=255) tagctagcAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGgcg > 2:758898/1‑150 (MQ=255) gctagcAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGcc > 1:1320195/1‑150 (MQ=255) 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aCGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCTTGGTACTGCTATCa > 1:1028046/1‑150 (MQ=255) cGCCTGCTCAGGTATGGCGGCCTATGGCGGCAGCAATTCAGTTATTACCCAGGGGACGATTAACATCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGAAAATACTCTTGTAGTGATGTCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATaaa < 1:1154544/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACg < 1:47156/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGAc < 2:1452853/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGAc > 2:1357934/1‑150 (MQ=255) gcAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAATAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAg < 1:749182/150‑1 (MQ=255) attgctGGCGCCATAGGCCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGAc > 1:509162/6‑150 (MQ=255) ttgctGGCGCCATAGGCCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGAAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACg > 2:1547402/5‑150 (MQ=255) ggTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACg > 1:378974/1‑150 (MQ=255) gctGGCGCCATAGGCCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACggg > 1:1672625/3‑150 (MQ=255) tGGCGGCCTATGGAGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGgtg < 1:421205/150‑1 (MQ=255) ggcggcCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGgtgt > 2:822460/1‑150 (MQ=255) ggcggcCTATGGCGCCAGAAATACAGTTATTAACCAGGGGACTATTAACCTCGAAAAAAATTGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGgtgt < 2:61597/150‑1 (MQ=255) ggcCTTTTGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGGGTtat < 1:1054084/150‑1 (MQ=255) ggcCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtat > 1:860480/1‑150 (MQ=255) ccTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatca < 2:860456/150‑1 (MQ=255) tATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaat < 2:1087601/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaatatca > 2:1299255/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaatatca < 1:1370005/150‑1 (MQ=255) | ATAGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCA > NC_000913/1470954‑1471251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |