| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,481,117 | T→A | 5.3% | V70D (GTT→GAT) ‡ | ynbD → | putative phosphatase inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,481,117 | 0 | T | A | 5.3% | 270.4 / 5.1 | 95 | V70D (GTT→GAT) ‡ | ynbD | putative phosphatase inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/47); new base A (3/2); total (46/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
ATCTCTTAATCAGTTCACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCA > NC_000913/1480968‑1481264 | aTCTCTTAATCAGTTCACCGAGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGTATTTTCGCTGTTCGt > 1:99162/1‑150 (MQ=255) tctTAATCAGTTCACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAAAGGCTATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTTCTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTg < 1:313671/150‑1 (MQ=255) tctTAATCAGTTCACCGCGGTTCAGGAACTTAACAGCCATGATATAACCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCGTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACAGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTg > 2:293050/1‑150 (MQ=255) 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tgttCGCTGTGCGTTTGAAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGCCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTCTCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATgg < 1:296185/148‑1 (MQ=255) tttCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGc < 2:417055/150‑1 (MQ=255) tttCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTGGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGc < 1:279937/150‑1 (MQ=255) ggcGCTGTTCGAATGTCGTGCTACAAACGAACAGCGCCGCCTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCTCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGCCGGGATGGCt > 2:1075390/3‑150 (MQ=37) gcGCTGTTCGAATGTCGTGCTACAAACGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTa > 1:1655546/2‑150 (MQ=255) gcGCTGTTCGAATGTCGTGCTACAAACGAACAGCGCAGACTTGTCCGCCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCGTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTa > 1:1843250/2‑150 (MQ=255) cGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCTGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTAt < 2:852629/150‑1 (MQ=255) cTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTAttt < 1:161196/150‑1 (MQ=255) gTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCTGCTTATTATTGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATACGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGATATTTTc > 1:1697642/1‑150 (MQ=255) gTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTc < 2:1465841/150‑1 (MQ=255) ttCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGTGTGACGGGATGGCTATTTTCg < 1:1649551/150‑1 (MQ=255) tCGTTTGTAGCACGACATTCGTACAGCGCCGAGTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCAGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGc < 2:1799797/150‑1 (MQ=255) cGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCa < 2:287586/150‑1 (MQ=255) | ATCTCTTAATCAGTTCACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCA > NC_000913/1480968‑1481264 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |