| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,481,125 | A→G | 5.3% | T73A (ACG→GCG) ‡ | ynbD → | putative phosphatase inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,481,125 | 0 | A | G | 5.3% | 271.7 / 5.0 | 95 | T73A (ACG→GCG) ‡ | ynbD | putative phosphatase inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/47); new base G (3/2); total (46/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
CAGTTCACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAAC > NC_000913/1480978‑1481272 | cAGTTCACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACg > 1:1409149/1‑150 (MQ=255) gTTCACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCACTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGAc < 1:1525860/150‑1 (MQ=255) cACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGATACGGCGAGCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACAtt < 1:1103653/150‑1 (MQ=255) cACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGCTCCATTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACAtt > 1:96428/1‑150 (MQ=255) cACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACAtt > 1:852629/1‑150 (MQ=255) aCCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTCGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCGTTTATATTGATTTTCGCTGTTCGTATGTAGCACGACAtta > 1:19560/1‑149 (MQ=255) ccGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCg > 1:1141152/1‑150 (MQ=255) ccGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCACCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTAGCTGGACTATTGTTACTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATTGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCg > 2:1540920/1‑150 (MQ=255) 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gcGCTGTTCGAATGTCGTGCTACAAACGAACAGCGCAGACTTGTCCGCCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCGTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTa > 1:1843250/2‑150 (MQ=255) cGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCTGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTAt < 2:852629/150‑1 (MQ=255) cTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTAttt < 1:161196/150‑1 (MQ=255) gTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCTGCTTATTATTGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATACGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGATATTTTc > 1:1697642/1‑150 (MQ=255) gTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTc < 2:1465841/150‑1 (MQ=255) ttCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGTGTGACGGGATGGCTATTTTCg < 1:1649551/150‑1 (MQ=255) tCGTTTGTAGCACGACATTCGTACAGCGCCGAGTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCAGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGc < 2:1799797/150‑1 (MQ=255) cGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCa < 2:287586/150‑1 (MQ=255) tAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGa > 1:1579900/1‑150 (MQ=255) tAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGa > 1:532914/1‑150 (MQ=255) gCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGAGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAAc > 1:174516/1‑150 (MQ=255) gCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGCCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTGAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGGGGGGTGACGGGATGGCTATTTTAGCAACTTGAAc < 2:99162/150‑1 (MQ=255) | CAGTTCACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAAC > NC_000913/1480978‑1481272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |