| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,481,131 | T→A | 5.1% | F75I (TTC→ATC) | ynbD → | putative phosphatase inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,481,131 | 0 | T | A | 5.1% | 277.1 / 3.1 | 93 | F75I (TTC→ATC) | ynbD | putative phosphatase inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/48); new base A (3/2); total (43/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
CACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGAT > NC_000913/1480983‑1481280 | cACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGATACGGCGAGCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACAtt < 1:1103653/150‑1 (MQ=255)cACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGCTCCATTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACAtt > 1:96428/1‑150 (MQ=255)cACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACAtt > 1:852629/1‑150 (MQ=255) aCCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTCGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCGTTTATATTGATTTTCGCTGTTCGTATGTAGCACGACAtta > 1:19560/1‑149 (MQ=255) ccGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCg > 1:1141152/1‑150 (MQ=255) ccGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCACCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTAGCTGGACTATTGTTACTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATTGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCg > 2:1540920/1‑150 (MQ=255) cgcgCTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGACCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGa < 2:268707/150‑1 (MQ=255) cgGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTTGGAATCGGCGATCCCTTTTCTTCCCTTGACTATTGTTCCTTACTTGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAAc < 2:873342/150‑1 (MQ=255) 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tttCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTGGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGc < 1:279937/150‑1 (MQ=255) ggcGCTGTTCGAATGTCGTGCTACAAACGAACAGCGCCGCCTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCTCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGCCGGGATGGCt > 2:1075390/3‑150 (MQ=37) gcGCTGTTCGAATGTCGTGCTACAAACGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTa > 1:1655546/2‑150 (MQ=255) gcGCTGTTCGAATGTCGTGCTACAAACGAACAGCGCAGACTTGTCCGCCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCGTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTa > 1:1843250/2‑150 (MQ=255) cGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCTGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTAt < 2:852629/150‑1 (MQ=255) cTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTAttt < 1:161196/150‑1 (MQ=255) gTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCTGCTTATTATTGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATACGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGATATTTTc > 1:1697642/1‑150 (MQ=255) gTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTc < 2:1465841/150‑1 (MQ=255) ttCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGTGTGACGGGATGGCTATTTTCg < 1:1649551/150‑1 (MQ=255) tCGTTTGTAGCACGACATTCGTACAGCGCCGAGTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCAGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGc < 2:1799797/150‑1 (MQ=255) cGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCa < 2:287586/150‑1 (MQ=255) tAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGa > 1:532914/1‑150 (MQ=255) tAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGa > 1:1579900/1‑150 (MQ=255) gCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGAGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAAc > 1:174516/1‑150 (MQ=255) gCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGCCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTGAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGGGGGGTGACGGGATGGCTATTTTAGCAACTTGAAc < 2:99162/150‑1 (MQ=255) cGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGt < 2:1409149/150‑1 (MQ=255) aCATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGttt < 2:22780/150‑1 (MQ=255) cATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTg > 1:426437/1‑150 (MQ=255) aTTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGa < 1:1653204/150‑1 (MQ=255) ttCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGAAACTTGAACTGTTTGAt > 1:1828922/1‑150 (MQ=255) | CACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCTGCTGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGTTTTATCCGTCCTGAAGTGAGTGGGGTGACGGGATGGCTATTTTCGCAACTTGAACTGTTTGAT > NC_000913/1480983‑1481280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |