| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,888,034 | 0 | A | T | 6.6% | 301.3 / 7.5 | 110 | intergenic (‑43/+27) | rnd/fadD | ribonuclease D/acyl‑CoA synthetase (long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/54); new base T (5/2); total (54/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCGTACGAACAAATTCAGTATCCAGGGCTATCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTC‑AAAAAAAACGCCGGATTAACCGGCGTCTGACGACTGACTTAACGCTCAGGCTTTATTGTCCACTTTGCCGCGCGCTTCGTCACGTAATTCTCGTCGCAAAATTTTTCCGACGTTAGATTTCGGTAACTCATCACGAAACTCCACCAGCTTCGGTACTTTGTATCCCG > NC_000913/1887889‑1888182 | gcgTACGATCAAATTCAGTATCCAGGGCTATCGCCGGAAATGCAAGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATAATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTC‑AAAAAAAACGCCGGATTAACCgg < 1:98163/150‑1 (MQ=255)gcgTACGAACAAATTCAGTAGACAGGGCTATAGCCGGAAAGGCACTGACGGCTTCAAACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTC‑AAAAAAACCGCCGGATTAACCgg < 1:102594/150‑1 (MQ=255) gTACGCACAAATTCAGTATCCAGGGCTAGCGCCGGAAAGGCACGGACGGCTTCACACAAAGAAGCCAGCGCATCGTCCGTGGTAATCATTTGGTAATTCAAATTGTTTTCTCTTTAGTGGGCGTC‑AAAAAAAACGCCGGATTAACCGGCg < 2:45778/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |