| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,538,549 | A→T | 6.3% | intergenic (+66/+123) | yfeS → / ← cysM | WGR domain protein/cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,538,549 | 0 | A | T | 6.3% | 266.9 / 5.2 | 89 | intergenic (+66/+123) | yfeS/cysM | WGR domain protein/cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/44); new base T (4/2); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
ATTCTTCAATGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAAT > NC_000913/2538400‑2538697 | aatcttcAATGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTa < 2:1474253/148‑1 (MQ=255)aTTCTTCAATGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACCGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTGTGTTTATGCCGGATGCGGCGTa < 2:508681/150‑1 (MQ=255) cAATGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGcc > 2:1819042/1‑150 (MQ=255) aaTGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCt < 2:643669/150‑1 (MQ=255) ggggTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCCCGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 2:271658/1‑150 (MQ=255) ggggTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 2:446313/1‑150 (MQ=255) aCGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCACCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGcc < 1:389632/150‑1 (MQ=255) tCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa < 2:521494/150‑1 (MQ=255) cAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGAGGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCATaaac < 1:615200/150‑4 (MQ=38) gACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAt < 2:1824113/150‑1 (MQ=255) cTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCAGTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCg < 1:317023/150‑1 (MQ=255) cACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTg < 1:814765/150‑1 (MQ=255) cACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTg > 1:1855386/1‑150 (MQ=255) aCCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGGTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGc < 2:1315893/150‑1 (MQ=255) aCCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGc < 1:304224/150‑1 (MQ=255) aCCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGc < 1:1136273/150‑1 (MQ=255) aCCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGc < 2:1404601/150‑1 (MQ=255) ccAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAGAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCt < 2:450406/150‑1 (MQ=255) 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ttCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCaa > 2:1683269/1‑150 (MQ=255) ttCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCaa > 2:910644/1‑150 (MQ=255) tCAAAATATGATTGATTACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACATCTGTTAAAATAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAat < 2:1011791/150‑1 (MQ=255) tCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAat < 1:145768/150‑1 (MQ=255) aaaaaaaTGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAata < 1:1383184/149‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCATTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAatata > 2:36861/1‑150 (MQ=255) aaaTGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGGGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATAtt < 1:1542752/150‑1 (MQ=255) gatgaCCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAATTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAAc < 2:934790/150‑1 (MQ=255) gatgaCCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAAc > 2:246471/1‑150 (MQ=255) tgaCCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCt > 1:750337/1‑150 (MQ=255) aCCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTg < 1:995304/150‑1 (MQ=255) ccTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGt < 1:1195097/150‑1 (MQ=255) tACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAgg > 2:1534728/1‑150 (MQ=255) cGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGcc < 2:59488/150‑1 (MQ=255) tttCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATa < 2:846656/150‑1 (MQ=255) tttCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGATTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATa < 1:435045/150‑1 (MQ=255) tCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAg > 2:485433/1‑150 (MQ=255) tCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAg > 2:1685995/1‑150 (MQ=255) ccTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGc < 2:1479961/150‑1 (MQ=255) ccTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGc > 1:1872308/1‑150 (MQ=255) 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ccGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGccc > 1:995990/1‑150 (MQ=255) ggataaggcgTTTACGCCGCATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGccccc > 2:35381/7‑150 (MQ=21) ggataaggcgTTTACGCCGCATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGccccc > 1:630728/7‑150 (MQ=21) gataaggcgTTTACGCCGCATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCg > 1:15740/6‑144 (MQ=21) gataaggcgTTTACGCCGCATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCg < 2:15740/139‑1 (MQ=21) aTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAATTCCCCGCCCCCTg < 1:887838/150‑1 (MQ=255) aTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTg < 1:1819042/150‑1 (MQ=255) cggcgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATTGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCt > 2:799542/1‑150 (MQ=255) gcgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTaa > 2:523776/1‑150 (MQ=255) gcgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCACCTGGCTaa > 1:1299547/1‑150 (MQ=255) cgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGATAATTAAATATATTGCAGAAACCTAGTAGACCTGATAAGAGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATAAGTCTACGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGGTaaa > 1:1275904/1‑150 (MQ=25) tAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAAt > 2:485614/1‑150 (MQ=255) tAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGGGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAAt < 1:87511/150‑1 (MQ=255) | ATTCTTCAATGGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAAT > NC_000913/2538400‑2538697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |