| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,538,557 | T→C | 6.3% | intergenic (+74/+115) | yfeS → / ← cysM | WGR domain protein/cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,538,557 | 0 | T | C | 6.3% | 285.4 / 7.6 | 95 | intergenic (+74/+115) | yfeS/cysM | WGR domain protein/cysteine synthase B (O‑acetylserine sulfhydrolase B) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/46); new base C (4/2); total (47/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
GGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCC > NC_000913/2538410‑2538706 | ggggTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCCCGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 2:271658/1‑150 (MQ=255)ggggTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 2:446313/1‑150 (MQ=255) aCGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCACCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGcc < 1:389632/150‑1 (MQ=255) tCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa < 2:521494/150‑1 (MQ=255) cAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGAGGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCATaaac < 1:615200/150‑4 (MQ=38) gACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAt < 2:1824113/150‑1 (MQ=255) cTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCAGTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCg < 1:317023/150‑1 (MQ=255) cACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTg < 1:814765/150‑1 (MQ=255) cACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTg > 1:1855386/1‑150 (MQ=255) aCCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGGTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGc < 2:1315893/150‑1 (MQ=255) aCCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGc < 1:304224/150‑1 (MQ=255) aCCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGc < 1:1136273/150‑1 (MQ=255) aCCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGc < 2:1404601/150‑1 (MQ=255) ccAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAGAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCt < 2:450406/150‑1 (MQ=255) ccAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCt > 1:558/1‑150 (MQ=255) cAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTa > 1:749719/1‑150 (MQ=255) aaTACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTaa < 1:1038442/150‑1 (MQ=255) cTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCa > 1:444515/1‑150 (MQ=255) 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tgaCCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCt > 1:750337/1‑150 (MQ=255) aCCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTg < 1:995304/150‑1 (MQ=255) ccTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGt < 1:1195097/150‑1 (MQ=255) tACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAgg > 2:1534728/1‑150 (MQ=255) cGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGcc < 2:59488/150‑1 (MQ=255) 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ccTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGc > 1:1872308/1‑150 (MQ=255) cTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCg > 2:1426394/1‑150 (MQ=255) cACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTTCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTa > 1:403992/1‑150 (MQ=255) aCGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAg > 1:452025/1‑150 (MQ=255) cGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAgc > 2:182462/1‑150 (MQ=255) 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agcaACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCATACAAAATCGTGATATTTCAATATATTGCAGAAACCTTTTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGAAGTTTTGCGtttttaata > 1:956224/1‑144 (MQ=18) gcaACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGtcatca < 2:1026912/150‑1 (MQ=255) caacaaCTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAATCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCTTTTGtcatcat > 1:770278/1‑149 (MQ=255) acaacTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGtc > 1:988522/1‑150 (MQ=255) gTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGGTAATTCAATATATTGCAGAAACCTGGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGAt > 2:313346/1‑150 (MQ=255) 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gataaggcgTTTACGCCGCATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCg > 1:15740/6‑144 (MQ=21) aTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAATTCCCCGCCCCCTg < 1:887838/150‑1 (MQ=255) aTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTg < 1:1819042/150‑1 (MQ=255) cggcgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATTGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCt > 2:799542/1‑150 (MQ=255) gcgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTaa > 2:523776/1‑150 (MQ=255) gcgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCACCTGGCTaa > 1:1299547/1‑150 (MQ=255) cgTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGATAATTAAATATATTGCAGAAACCTAGTAGACCTGATAAGAGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATAAGTCTACGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGGTaaa > 1:1275904/1‑150 (MQ=25) tAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAAt > 2:485614/1‑150 (MQ=255) tAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGGGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAAt < 1:87511/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGc < 2:853061/150‑1 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGc < 2:722610/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTTCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGct < 1:60610/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGct > 2:1832883/1‑150 (MQ=255) aCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGct > 1:1700144/1‑150 (MQ=255) aCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCACTGGCTAAATTGct > 1:162775/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCtt > 1:1595255/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCAGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCACCCTGGCTAAAATGCTCtt > 2:1685010/1‑150 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTcc < 1:774168/150‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTcc < 1:1534728/150‑1 (MQ=255) tATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTccc < 1:522349/150‑1 (MQ=255) tATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTccc < 1:485433/150‑1 (MQ=255) tATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGATATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGCCTAAAATGCTCTTccc > 2:444562/1‑150 (MQ=255) | GGGGTGACGGTCAGGACTCACCAATACTTCAAAAAATGATTGATGACCTTACGGCGTTTCCTCACGAAAATTAAATACTGCATTTGTCGGCAGCAACAACTGTTAAAAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCTAATTCAATATATTGCAGAAACCTTGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAGTTTTGCGTTTGTCATCAGTCTCCGATGCTATTAATCCTTAAATCCCCGCCCCCTGGCTAAAATGCTCTTCCC > NC_000913/2538410‑2538706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |