| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,854,312 | T→A | 5.3% | intergenic (+48/‑26) | hypE → / → fhlA | carbamoyl dehydratase, hydrogenases 1,2,3 maturation protein/formate hydrogenlyase transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,854,312 | 0 | T | A | 5.3% | 451.0 / 11.4 | 151 | intergenic (+48/‑26) | hypE/fhlA | carbamoyl dehydratase, hydrogenases 1,2,3 maturation protein/formate hydrogenlyase transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/67); new base A (4/4); total (80/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GTGAAGTGGTGGAACGTAAAGGTGTTCGTCTTGCCGGTCTGTATGGCGTGAAACGAACCCTCGATTTACCACACGCCGAACCGCTTCCGCGTATATGCTAATAAAATTCTAAATCTCCTATAGTTAGTCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACTGGTAAAGCG > NC_000913/2854164‑2854456 | gtggAACGTAAAGGTGTTCGTCTTGCCGGTCTGTATGGCGTGAAACGAACCCTCGATTTACCACACGCCGAACCGCTTCCGCGTATATGCTAATAAAATTCTAAATCTCCTATAGTTAGTCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCt > 1:1800410/1‑150 (MQ=255) ggAACGTAAAGGTGTTCGTCTTGCCGGTCTGTATGGCGTGAAACGAACCCTCGTTTTACCACACGCCGAACCGCTTCCGCGTATATGCTAATAAAATTCTAAATCTCCTATAGTTAGTCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCttt > 2:1163063/1‑150 (MQ=255) ggAACGTAAAGGTGTTCGTCTTGCCGGTCTGTATGGCGTGAAACGAACCCTCGATTTACCCCACGCCGAACCGCTTCCGCGTATATGCTAATAAAATTCTAAATCTCCTATAGTTAGTCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCttt > 2:1680403/1‑150 (MQ=255) 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tagttagtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACACGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAg < 2:1431086/150‑1 (MQ=255) tagttagtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAg > 1:180321/1‑150 (MQ=255) gttagtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGc > 2:802900/1‑150 (MQ=255) gttagtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGc < 2:804922/150‑1 (MQ=255) gttagtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGc < 1:398229/150‑1 (MQ=255) cAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGTCTCGTTc > 2:278337/1‑150 (MQ=255) cAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTc < 2:1386335/150‑1 (MQ=255) aaTGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCg < 1:883928/150‑1 (MQ=255) tGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCa < 2:692541/150‑1 (MQ=255) caggaaagCACCGCAAAGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAAc > 2:1617164/8‑150 (MQ=255) 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cACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACTGGTAAAg > 1:1836941/1‑150 (MQ=255) cACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACTGGTAAAg < 2:1383148/150‑1 (MQ=255) | GTGAAGTGGTGGAACGTAAAGGTGTTCGTCTTGCCGGTCTGTATGGCGTGAAACGAACCCTCGATTTACCACACGCCGAACCGCTTCCGCGTATATGCTAATAAAATTCTAAATCTCCTATAGTTAGTCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACTGGTAAAGCG > NC_000913/2854164‑2854456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |