| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,854,313 | T→A | 5.1% | intergenic (+49/‑25) | hypE → / → fhlA | carbamoyl dehydratase, hydrogenases 1,2,3 maturation protein/formate hydrogenlyase transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,854,313 | 0 | T | A | 5.1% | 462.9 / 9.1 | 151 | intergenic (+49/‑25) | hypE/fhlA | carbamoyl dehydratase, hydrogenases 1,2,3 maturation protein/formate hydrogenlyase transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/67); new base A (4/4); total (80/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
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gttagtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGc < 2:804922/150‑1 (MQ=255) gttagtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGc > 2:802900/1‑150 (MQ=255) gttagtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGc < 1:398229/150‑1 (MQ=255) tagtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGctc > 2:604692/1‑150 (MQ=255) agtCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGctct > 2:198990/1‑150 (MQ=255) tGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCa < 2:692541/150‑1 (MQ=255) caggaaagCACCGCAAAGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGATCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAAc > 2:819788/8‑150 (MQ=255) ccTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACt > 2:1562763/1‑150 (MQ=255) aggaaagCACCGCAAAGCGGTGCTTTACTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACt > 2:1744636/7‑150 (MQ=255) ttttGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACTgg < 2:800548/150‑1 (MQ=255) 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ccGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACTGGTAAAGCg > 2:397188/1‑150 (MQ=255) tGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACTGGTAAAGCGTTCTGC < 2:404873‑M1/150‑1 (MQ=255) | GTGAAGTGGTGGAACGTAAAGGTGTTCGTCTTGCCGGTCTGTATGGCGTGAAACGAACCCTCGATTTACCACACGCCGAACCGCTTCCGCGTATATGCTAATAAAATTCTAAATCTCCTATAGTTAGTCAATGACCTTTTGCACCGCTTTGCGGTGCTTTCCTGGAAGAACAAAATGTCATATACACCGATGAGTGATCTCGGACAACAAGGGTTGTTCGACATCACTCGGACACTATTGCAGCAGCCCGATCTGGCCTCGCTGTGTGAGGCTCTTTCGCAACTGGTAAAGCGTTCTGC > NC_000913/2854164‑2854462 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |