Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,143,980 | C→A | 8.5% | G62V (GGC→GTC) | hybB ← | putative hydrogenase 2 cytochrome b type component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,143,980 | 0 | C | A | 8.5% | 263.7 / 3.5 | 97 | G62V (GGC→GTC) | hybB | putative hydrogenase 2 cytochrome b type component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/36); new base A (2/8); total (53/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GACCCACGTCGATAGTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCAAACGCGATCCACACGCCCCACGGGAAGCCGCCGTTCAGGTCAGAGACAGAGCCCAGACCGAACACCAGACGCTTCACAATCAGGAGCATACAGATGACGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATG > NC_000913/3143831‑3144129 | taCCCACGTCGATAGTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAACCAGACTCGCCAACAGCGCCGCTCGCACCAGCGTATGGTATTGCCAACCGGTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCCAAGCCGGTGc < 2:1212229/149‑1 (MQ=255) cccACGTCGATAGTGATCGACAAGCCCCCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCAAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGAGGGTATTGCCCACGGTAAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCa < 2:1046070/150‑1 (MQ=255) cccACGTCGATAGTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCa < 2:493487/150‑1 (MQ=255) ccACGTCGATAGTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCat > 2:426714/1‑149 (MQ=255) aCGTCGATAGTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATc < 1:653880/150‑1 (MQ=255) aCGTCGATAGTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATc < 1:1228470/150‑1 (MQ=255) cGTCGATAGTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATca > 1:1501051/1‑150 (MQ=255) cGATAGTGATCGACAAGCGACCCAGGGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCCCGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATcagca < 2:140307/150‑1 (MQ=255) aTAGTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAgg < 1:879832/150‑1 (MQ=255) aTAGTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAgg < 1:1645058/150‑1 (MQ=255) gTGATCGACAAGCCCCCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGCCGCACCAGCGGATGGTATTGCCCCCGGTTAAAGACGACTACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACCGGCAAAGCCGGTGCCAAACAGCAGGTCa > 1:985749/1‑150 (MQ=255) gTGATCGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCGCCGGCAAAGCCGGGGCCAATCGGCAGGTCa > 2:1166776/1‑150 (MQ=255) cGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGCCGTATACCGCCCACGCCCGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCAAAcgc > 2:211605/1‑150 (MQ=255) cGACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCAACcgc < 2:1203576/150‑1 (MQ=255) gACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCAAAcgcg > 1:1820590/1‑150 (MQ=255) gACAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCAAAcgcg < 2:422138/150‑1 (MQ=255) aCAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCAAAcgcgc > 1:569219/1‑149 (MQ=255) cAAGCCACCCAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCCGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCAAACGCGag > 1:348902/1‑149 (MQ=255) 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cAGTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCAAACGCGATCCACACGcc > 2:211113/1‑150 (MQ=255) gTGAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGATAAAGACGTATACCGCCCACGCCGGCGCCCAGCCGCCACAGGCACAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCACACGCGATCCACACGcccc > 2:742597/1‑150 (MQ=255) gAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCTCCAGCGGAGGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATGCCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCCCAGGCAACGCCGGTGCCAATCCGCAGGGCAAACGCGATCCACACGCCCCAc > 2:1772064/1‑150 (MQ=255) gAGTAACCAAACAGACTCGCCAACAGCGCCGGACGCACCAGCGGATGGTATTGCCCACGGTTAAAGACGTATACCGCCCACGCCAGCGCCCAGCCGCCACAGGCAAAGCCGGTGCCAATCAGCAGGTCAAACGCGATCCCCACGCCCCAc > 2:1607158/1‑150 (MQ=255) aGTAACCAAACAGACTCGCCAACCGCGCCGGACGCACCAGCGGCTGGTATTGCCCCCGGTTAAAGCCGTAAACCGCCCACGCCAGCGCCCCGCCGCCCCCGGCAAAGCCGGTGCCAAACAGCCGGTCAACCGCGAGCCCCGCGCCCCCCg > 1:36239/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |