| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,263,502 | T→C | 5.7% | A53A (GCA→GCG) | tdcD ← | propionate kinase/acetate kinase C, anaerobic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,263,502 | 0 | T | C | 5.7% | 239.6 / 4.9 | 89 | A53A (GCA→GCG) | tdcD | propionate kinase/acetate kinase C, anaerobic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/53); new base C (3/2); total (34/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
ATCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCGGAAA > NC_000913/3263355‑3263651 | aTCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGttc > 1:1132201/1‑148 (MQ=255)aTCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCAAGCGGTgg > 1:1738373/1‑149 (MQ=255) tCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATCCTGACTCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTATGGTGAGCCAGCGGTGCt < 2:113317/150‑1 (MQ=255) tCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCt < 1:1028030/150‑1 (MQ=255) tCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTACCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCt < 1:250517/150‑1 (MQ=255) cGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCACTTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTg < 1:1365005/150‑1 (MQ=255) ggTAATAATGGCGGACTCGGTAATAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGATCAAATGCAATTGCTTTCATTGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTgg < 1:1449903/150‑1 (MQ=255) gTAATTATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTCTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCACCGCTGGc < 2:183710/150‑1 (MQ=255) gTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGc < 1:487896/150‑1 (MQ=255) gTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGc < 1:1087785/150‑1 (MQ=255) gTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGc < 2:47362/150‑1 (MQ=255) taataaTGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGct > 1:1110674/1‑150 (MQ=255) aataatGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCACCGCTGGctc < 1:1416102/150‑1 (MQ=255) aatGGCGGACTCGTTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑cc < 2:784417/150‑1 (MQ=255) ggACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCAtt < 1:1582835/150‑1 (MQ=255) gACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCAttt < 2:604106/150‑1 (MQ=255) aCTCGGTAAAAATAGTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCAACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTa < 2:616293/150‑1 (MQ=255) cTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGTCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTAc < 1:1375684/150‑1 (MQ=255) 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aaaaTACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCCCCGGGGCTGGGGCT‑ACCCCCTTTTAGGATaat > 2:1579551/1‑149 (MQ=255) aaaaTACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAg < 2:526281/150‑1 (MQ=255) tACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATg < 2:1296977/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCa > 1:261464/1‑150 (MQ=255) tGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCAt < 2:382645/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCAt > 2:970837/1‑150 (MQ=255) gccgccGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCCGCGGTGGTGGGTCG‑CCCCCCATTTCGGATAAGAATGCaat > 2:1856252/1‑148 (MQ=255) gTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGa < 1:1305905/150‑1 (MQ=255) ggAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAg < 2:1601279/149‑1 (MQ=255) cGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTaa < 1:1597817/150‑1 (MQ=255) 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aCCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAAcc < 1:1080204/150‑1 (MQ=255) cTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACcac < 2:261464/150‑1 (MQ=255) cGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGt < 1:1793703/150‑1 (MQ=255) tAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTta < 2:878946/150‑1 (MQ=255) aGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTtaa < 1:1524854/150‑1 (MQ=255) gggagAGCCAGCACCGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAAcc > 1:823336/5‑150 (MQ=255) ggagAGCCAGCACCGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCAAAGTTAATAACCa > 2:1867647/4‑150 (MQ=255) gtgAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGCCGAACCACAGTTAATAACCaa > 1:848399/1‑150 (MQ=255) gagAGCCAGCACCGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAACACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACATAATCGAAGACGAACCACAGTtaataaacca > 1:331575/3‑146 (MQ=255) gCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCTGCAATACCTGACCTTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGATCACGGAAAACTTAATAGAAGACGATCCACAGTTAATACCCAAcaca > 2:1121790/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGACAACTTAATCGAAGACGACCCACACTTAATAACCAAaaca > 2:165897/1‑150 (MQ=255) gCGGTGCTGGCTCT‑CCCACATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACAGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCg < 2:1182319/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCGGaaa > 2:981552/1‑150 (MQ=255) | ATCGGTAATAATGGCGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCT‑CCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCGGAAA > NC_000913/3263355‑3263651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |