| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 394,472 | G→A | 8.3% | intergenic (+54/‑34) | yaiT → / → yaiV | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein/putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 394,472 | 0 | G | A | 8.3% | 322.3 / 12.2 | 108 | intergenic (+54/‑34) | yaiT/yaiV | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein/putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/39); new base A (5/4); total (64/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGT > NC_000913/394323‑394621 | aaGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACTTCGGTTGTTGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAg < 1:1016450/150‑1 (MQ=255)aaGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGCCGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAg > 1:582407/1‑150 (MQ=255)aaGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAg > 1:1541234/1‑150 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |