| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 394,474 | A→C | 8.0% | intergenic (+56/‑32) | yaiT → / → yaiV | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein/putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 394,474 | 0 | A | C | 8.0% | 331.7 / 16.6 | 113 | intergenic (+56/‑32) | yaiT/yaiV | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein/putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/43); new base C (5/4); total (66/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTC > NC_000913/394328‑394622 | cTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACTTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGAAATATTATTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGAttt > 1:1450195/1‑150 (MQ=255)cTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGAttt > 1:1117172/1‑150 (MQ=255)cTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGAttt > 1:1132525/1‑150 (MQ=255) 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tGCCCGTCAAATCCTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATAtttt > 1:1796750/1‑150 (MQ=255) gCCCGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTc > 1:1014327/1‑150 (MQ=255) gCCCGTCAAATCCTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTc > 1:79710/1‑150 (MQ=255) gCCCGTCAAATCCTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAACCAAGTTATATTTTc > 2:784578/1‑150 (MQ=255) cccGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTcc > 2:558702/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |