| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 517,380 | 0 | A | T | 5.9% | 344.6 / 7.8 | 118 | intergenic (+18/+45) | fetB/ybbN | iron export ABC transporter permease; peroxide resistance protein/DnaK co‑chaperone, thioredoxin‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/45); new base T (3/4); total (69/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTGACCG > NC_000913/517234‑517527 | cAGATTATGGTGCCCTTTATGCTGCTCTCACCCGCCAGCGTGTCGTCCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTCAGTTTTATAATTCGCGCCCCCAGTTGGTGGGGACGCAATTGAAGAAGAAAAGATGCGATGCCGGATGCgcagca < 2:116252/150‑1 (MQ=255) aGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGAGGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcat > 2:927995/1‑150 (MQ=255) aGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcat > 1:977193/1‑150 (MQ=255) 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atgcgatgcCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATAAATACAACACTGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGt > 2:1129159/1‑150 (MQ=255) atgcCGGCTGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGCTCAACGGAATATCAATACAACTATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGAGCTCCTGGAACGTTTTAc < 2:1154129/150‑1 (MQ=255) ccGGATGCGATGCTGCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTAcgcg > 1:964259/1‑150 (MQ=255) cGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGt > 2:625909/1‑150 (MQ=255) gATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGCTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCACACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCt < 2:949418/150‑1 (MQ=255) 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cgcAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTGAcc > 1:131518/1‑150 (MQ=255) gcagcaTCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTGACCg < 2:128497/150‑1 (MQ=255) | CAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTGACCG > NC_000913/517234‑517527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |